数据集概述
本数据集为研究论文的补充文件集合，聚焦于祖先猿类线粒体蛋白异常变化检测及代谢状态分析。内容涵盖蛋白替换预测、序列评分计算、系统发育树推断等关键研究数据，为论文核心结论提供支撑。
文件详解
该数据集包含多个研究相关的补充文件，具体说明如下：
- 蛋白替换数据文件:
- Akpinar_et_al_Supplemental_File_1.csv: CSV格式文件，记录所有预测的蛋白替换信息，包括对齐位置、蛋白名称、分支信息、祖先与后代特征、分支长度、总替换得分及分类信息等。
- Akpinar_et_al_Supplemental_File_2.xlsx: Excel格式文件，提供每个线粒体蛋白对齐位置的TSS值计算结果，参考牛科动物序列。
- 分析结果文件:
- Akpinar_et_al_Supplemental_File_3.xlsx: Excel格式文件，包含所有线粒体编码位置及特定OXPHOS复合物和蛋白的SPCS与θevo分析输出。
- 序列与树文件:
- Akpinar_et_al_Supplemental_File_4.gb: GenBank格式文件，包含哺乳动物mtDNA RefSeq条目及爬行动物Anolis punctatus序列。
- Akpinar_et_al_Supplemental_File_5.nwk: NWK格式文件，基于串联蛋白编码序列构建的最大似然系统发育树。
- Akpinar_et_al_Supplemental_File_6.nwk: NWK格式文件，带有Felsenstein自举比例标注的哺乳动物mtDNA系统发育树。
- Akpinar_et_al_Supplemental_File_7.nwk: NWK格式文件，带有转移自举期望标注的哺乳动物mtDNA系统发育树。
- Akpinar_et_al_Supplemental_File_8.anctree.nwk: NWK格式文件，使用PAGAN生成的系统发育树输出。
- 文档与图表文件:
- Akpinar_et_al_Supplemental_File_Legends.pdf: PDF格式文件，包含补充图表的图例说明。
- Akpinar_et_al_Supplemental_Figures_1-6.pdf: PDF格式文件，包含补充图表1至6。
适用场景
- 进化生物学研究: 分析祖先猿类线粒体蛋白的进化变化模式。
- 分子代谢研究: 探究线粒体蛋白异常变化与代谢状态的关联。
- 系统发育分析: 利用提供的系统发育树数据开展灵长类进化关系研究。
- 生物信息学方法验证: 评估蛋白替换检测与序列评分计算方法的有效性。
