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蛋白质序列比对方法评估数据集
数据集概述 本数据集记录了对蛋白质序列比对方法的评估研究结果，重点对比统计共估计方法BAli-Phy与其他流行比对方法在模拟及生物基准数据集上的性能，分析其精度、召回率差异及潜在影响因素。 文件详解 文件名称:...
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RNA_Benchmark_Based_RNA基准数据集完整数据
数据集概述 本数据集为RNA相关基准数据，包含预测、CT等关键词相关内容，由六个压缩文件组成，覆盖序列、结构、多序列比对及预测结果等数据类型，为RNA研究提供基础数据支持。 文件详解 压缩文件集（共6个，均为.zip格式）： fasta.zip：可能包含RNA序列相关的FASTA格式文件...
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金16巯基14纳米团簇结构预测数据集
数据集概述 本数据集围绕Au16(SR)14纳米团簇的结构预测展开，通过机器学习原子间势加速研究，探索纳米团簇中的分子关联。包含用于结构预测的压缩文件、DFT模型文件及扩展XYZ格式数据文件，为纳米材料结构研究提供支持。 文件详解 文件名称: knots.zip，文件格式: ZIP (.zip)，文件类型: 压缩文件，用途:...
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大肠杆菌中关键GTP酶ObgE调控脂多糖合成研究数据集
数据集概述 本数据集是关于大肠杆菌中关键GTP酶ObgE调控脂多糖（LPS）合成的科学研究伴随数据，包含蛋白质相互作用、结构预测、质谱分析等实验结果，支持解析ObgE与LpxA相互作用对LPS合成及细胞生长的调控机制。 文件详解 该数据集包含94个文件，覆盖多种实验数据类型，具体如下： - 结构数据文件： -...
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Starship研究中笼状分子极简模型的结构与数据
数据集概述 本数据集为“Starship研究”中笼状分子极简模型的结构与数据档案，包含SQLite数据库文件及分子结构文件，涉及配体原子模型、结构预测、二维扫描、X射线/DFT来源笼状分子等多类数据，以压缩包形式存储。 文件详解 aa_ligands.zip：压缩包格式，包含用于确定玩具模型参数的配体原子模型数据...
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AlphaFold2局限性克服的蛋白质序列深度突变扫描与稳定性选择数据集
数据集概述 本数据集围绕克服AlphaFold2对天然同源序列依赖的局限性展开，包含通过深度突变扫描和稳定性选择生成的人工同源蛋白质序列数据，用于提升稀疏序列家族蛋白质的结构预测准确性。 文件详解 该数据集包含5个压缩文件，具体说明如下： - Sibs-Seq.zip：ZIP格式压缩文件，内容未提供详细预览 -...
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二氧化硅机器学习原子间势与经验模型关联研究数据集
数据集概述 该数据集为论文《A machine-learned interatomic potential for silica and its relation to empirical models》提供支持，包含二氧化硅的机器学习原子间势参数、训练数据库结构及不同势函数生成的非晶结构数据，用于分子动力学模拟与模型关联研究。 文件详解...
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模式生物VPS13蛋白AlphaFold预测结构数据集
数据集概述 本数据集包含多种模式生物VPS13蛋白的AlphaFold预测结构。因蛋白较大，仅对部分序列进行预测，并通过PyMOL对齐结构，同时提供域组织摘要PDF文件，为研究VPS13蛋白结构提供数据支持。 文件详解 蛋白结构压缩文件（共22个，格式为.zip）：...
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SARS_CoV_2全基因组结构与功能建模数据集
数据集概述 本数据集提供了针对SARS-CoV-2基因组中所有蛋白质的同源模型及功能注释信息，涵盖蛋白质结构模型、序列数据和多序列比对文件，为研究新冠病毒蛋白质的结构特征与功能机制提供数据支持。 文件详解 文件名称: models (1).zip 文件格式: ZIP压缩包 内容说明: 包含SARS-CoV-2蛋白质的同源模型数据 文件名称: seq...
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MgPt_n_n_2_12_团簇局部极小值数据集
数据集概述 本数据集包含MgPt_n（n=2-12）团簇的局部极小值结构数据，使用PBE0和TPSSh两种泛函及Def2-TZVP基组计算生成，以XYZ文件格式存储于压缩包中。 文件详解 压缩包文件：...
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基于机器学习的高维空间原子结构全局优化数据集
数据集概述 本数据集对应论文《Global atomic structure optimization through machine-learning-enabled barrier circumvention in extra...
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病原菌_宿主互作数据库数据集4_18
数据集概述 该数据集为病原菌-宿主互作数据库（PHI-base）4.18版本，收录真菌、卵菌和细菌病原体中经实验验证的致病性、毒力及效应基因，覆盖动物、植物等宿主的互作信息，含基因序列与功能描述，支持数据互操作，为医疗和农业病原体基因研究提供资源。 文件详解 数据文件： phi-...
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RNA设计与机器学习综合数据集
数据集概述 本数据集汇集了从主要RNA数据库提取的RNA多环结构综合数据，以及多种RNA设计算法的基准测试结果，旨在为RNA设计（尤其是多环结构领域）的研究与开发提供支持。 文件详解 文件名称：comprehensive-datasets-for-rna-design-machine-learning-and-beyond.zip...
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MotifBench_RFdiffusion_Based_蛋白质骨架评估完整数据_注_所有文件名均遵循中文主导原则_保留_MotifBench_和_RFd...
数据集概述 该数据集是MotifBench项目的一部分，包含使用AlphaFold2和ESMFold工具对RFdiffusion生成的蛋白质骨架进行评估的结果，提供了蛋白质结构生成与评估的相关数据支持。 文件详解 文件名称: scaffolds.zip：压缩文件格式，可能包含RFdiffusion生成的蛋白质骨架结构文件。 文件名称:...
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YDS_Upload_44_Based_分子结构参数分析完整数据
数据集概述 本数据集包含17个文件，涵盖图像、数据、代码、配置等多种类型，主要围绕分子结构参数（如键、角、二面角）及相关指标（如ICRMSD、DDE）展开，通过图表和表格形式呈现数据结果，为分子模拟相关分析提供支持。 文件详解...
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牙龈卟啉单胞菌T9SS组分复合物的AlphaFold2预测结构数据集
数据集概述 本数据集包含通过AlphaFold2预测的牙龈卟啉单胞菌IX型分泌系统（T9SS）核心膜复合物相关结构数据，涉及PorK-PorN二聚体、PorK-PorN环、PorM二聚体与PorL五聚体复合物、PorK与PorM结构域2-4二聚体复合物等多种复合物的预测结构，为研究T9SS核心膜复合物的组成与功能提供结构基础。 文件详解...
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预测淀粉样蛋白结构手稿的淀粉样蛋白模型数据集
数据集概述 本数据集为《Predicting Amyloid Structure》手稿配套的淀粉样蛋白模型数据，包含淀粉样蛋白结构文件、正负对照结构文件及对应的元数据文件，覆盖不同样本量的结构数据，为淀粉样蛋白结构预测研究提供模型支持。 文件详解...
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蛋白质构象空间探索数据集20240916_v1
数据集概述 本数据集围绕基于GoMartini 3描述符的高效TlCA特征集，探索蛋白质构象空间，包含相关文档与代码文件，为蛋白质结构分析提供支持。 文件详解 Supplementary.pdf: PDF格式文档，可能包含研究背景、方法细节或补充分析等内容 CODE.tar.xz: XZ压缩格式的代码包，可能包含用于数据处理或构象空间分析的源代码...
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马里巴韦抑制pUL97激酶机制及耐药突变的AlphaFold2结构预测计算分析数据集
数据集概述 本数据集为基于AlphaFold2预测的pUL97激酶结构，开展马里巴韦抑制机制及耐药突变分析的计算数据，包含结构预测的误差评估与可信度分数文件，支持抗病毒药物作用机制的生物信息学研究。 文件详解 文件名称：atompLDDT score_pUL97_kinase.pdf 文件格式：PDF...
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TernaryDB三元复合物数据集
数据集概述 该数据集是从蛋白质数据银行（PDB）中筛选出的22,303个三元复合物综合数据集，用于支持基于深度学习的靶向蛋白降解（TPD）复合物结构预测研究。 文件详解 文件名称: TernaryDB.zip 文件格式: ZIP压缩包 内容说明:...
