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具有不同系统发育历史的数据集合并研究数据
数据集概述 本数据集围绕“具有不同系统发育历史的数据集合并”这一主题展开，探讨了系统发育分析中不同数据集（如基因树与物种树）的历史差异对数据合并的影响，并提出了一种处理此类情况的简单方法，包括数据分区、独立分析和综合分析等步骤。 文件详解 文件名称:...
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安的列斯群岛植物传粉泛化与花冠形状进化约束数据集
数据集概述 本数据集围绕安的列斯群岛苦苣苔亚族植物展开，通过几何形态测量与进化模型，探究传粉策略（专性传粉者与泛化传粉者）对花冠形状进化约束的影响，验证泛化传粉是否与花冠形状约束放松相关。 文件详解 文档类文件： README_for_scriptsAndData.txt：TXT格式，说明压缩包内文件内容（如最大分支可信度树、物种树样本、地标数据等）...
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SpeciesTopoTestR物种树似然检验补充图表
数据集概述 本数据集为R包SpeciesTopoTestR的补充图表，聚焦基于似然法的物种树拓扑检验。该R包针对多物种溯祖模型下的物种树推断，开发了类似基因树检验的似然框架，通过模拟与实证数据演示其应用、局限性及注意事项，图表用于辅助说明相关方法与结果。 文件详解 文件名称: _SupplementaryFigures_1Oct2020a.pdf...
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坦噶尼喀湖慈鲷鱼类物种树估计与基因渗入分析数据集
数据集概述 本数据集聚焦东非坦噶尼喀湖慈鲷鱼类，包含45个物种共522个个体的多标记基因数据，通过新方法分析快速分化谱系中的基因渗入现象，构建稳健物种树，支持进化生物学中适应性辐射相关研究。 文件详解 文件名称：Meyer_et_al_supplementary_information.pdf 文件格式：PDF...
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野生棘冠海星季节性组织特异性基因表达补充数据集
数据集概述 本数据集为"野生棘冠海星季节性组织特异性基因表达揭示生殖与应激相关转录系统"研究的补充数据，包含基因表达原始与标准化数据、统计分析结果、可视化脚本、功能注释文件等46个文件，支持研究结果复现与深入分析。 文件详解 该数据集包含46个文件，覆盖数据、分析脚本、图表与注释等类型，具体说明如下： - 核心数据文件： - File 1. Raw...
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新热带蜥蜴分化中扩散与生态位演化的联合作用数据集
数据集概述 本数据集围绕新热带蜥蜴属Kentropyx的分化展开，结合分子标记、生物地理重建与生态位演化分析，探究扩散事件与生态位保守/分化在其物种形成中的作用，为理解新热带生物多样性形成机制提供数据支持。 文件详解 图表文件（PDF格式，共9个）： FigureS1_ConcatenatedNuclearTree.pdf：核基因串联树图表...
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形态保守型活板门蛛多基因座物种界定数据集
数据集概述 本数据集围绕加州形态保守型活板门蛛（Aliatypus属）的物种界定展开，通过多基因座发现与验证方法（含嵌合方法）及基于物种树的新树状发现法，识别出多个隐存物种，最终确定三个物种并描述两个新种，为遗传碎片化类群的物种界定提供框架。 文件详解 文档类文件：...
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SimPhy系统发育基因组模拟软件相关数据集
数据集概述 该数据集包含与SimPhy软件相关的补充材料，SimPhy是用于模拟基因、基因座和物种树进化的系统发育基因组模拟软件，可模拟不完全谱系分选、基因复制与丢失等导致物种树与基因树不一致的过程。 文件详解 文件名称：appendix1.pdf 文件格式：PDF 内容：可能包含SimPhy软件的附录说明文档，提供额外的技术细节或补充信息...
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菲律宾广布种泽蛙基因流与物种界定研究数据集
数据集概述 本数据集为菲律宾广布种泽蛙（Occidozyga laevis）的基因流与物种界定研究数据，包含序列比对、系统发育树、基因树、网络分析结果及补充图表与表格，用于验证基因流对系统发育结构及隐存种估算的影响。 文件详解 核心数据文件： Consensus_and_species_trees.zip：压缩文件，包含共识树与物种树数据...
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基因树不一致导致的表观替换率变异数据集
数据集概述 本数据集围绕基因树不一致引发的表观替换率变异现象（SPILS）展开，通过模拟实验与真实数据验证，探讨其对进化分析的影响及解决方案。包含实验结果图表、说明文档和原始数据压缩包，为研究不完全谱系分选（ILS）对分子进化推论的干扰提供支持。 文件详解 该数据集由8个文件组成，具体说明如下： - 图表文件（PDF格式）: -...
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Poeciliopsis属鱼类多位点系统发育数据集
数据集概述 该数据集是关于Poeciliopsis属鱼类的多位点系统发育研究数据，基于七个核基因座和两个线粒体基因座，采用串联分析、物种树和系统发育网络等方法，旨在解决分类学不确定性并探索网状进化证据，为该属鱼类的进化生态学研究提供支持。 文件详解 文件名称: DatasetsFiles.zip 文件格式: ZIP压缩包 内容说明:...
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硬松类系统基因组学研究数据集
数据集概述 本数据集基于硬松类（Pinus subsection Ponderosae）的系统基因组学研究，包含130个个体的样本数据，涉及703个低拷贝核基因序列和近完整质体基因组序列，用于构建系统发育树与物种树，分析核质一致性与网状进化关系。 文件详解 说明文档与结果文件：...
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被子植物生命树综合系统基因组学平台数据集
数据集概述 该数据集是基于Angiosperms353序列捕获探针的被子植物核基因系统基因组学研究成果，包含验证后的样本数据、物种树及中间文件，通过邱园生命树探索器公开访问，支持被子植物进化关系研究。 文件详解 核心数据压缩包: Baker_et_al_data_and_trees.zip: 压缩文件，包含主要数据和进化树文件 补充材料文档:...
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基因流对物种树估计影响的模拟研究数据集
数据集概述 该数据集基于模拟研究，探究基因流与不完全谱系分选对物种树估计的影响。通过模拟不同模型、规模、时间尺度和迁移率下的多基因座序列数据，分析贝叶斯方法及汇总统计方法对物种树拓扑结构、种群大小和分化时间的估计误差，为系统发育研究提供数据支持。 文件详解 文件名称: Supplemental Materials.pdf 文件格式: PDF...
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陆地脊椎动物栖息地偏好与跨洋扩散数据集
数据集概述 本数据集围绕陆地脊椎动物跨洋扩散能力展开，结合基于1225个外显子的物种树与概率模型，分析生态特化（如海岸栖息地偏好）对跨洋扩散概率的影响，验证其地理分布的形成机制。 文件详解 文件名称: README_for_RSPB-2018-2575.R2_SOM.tar.pdf 文件格式: PDF 内容说明:...
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异常区附近串联法失效研究数据集
数据集概述 本数据集围绕基因组测序中串联法在物种树构建的失效问题展开，聚焦异常区（因不完全谱系分选导致最常见基因树与物种树不匹配的参数空间）内外，分析似然法与简约法在串联数据上的性能差异，为改进物种树恢复方法提供理论与实验依据。 文件详解 说明文档（.txt格式）：...
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整合序列进化的概率直系同源分析数据集
数据集概述 该数据集包含与整合序列进化的概率直系同源分析相关的补充材料。研究提出DLRSOrthology方法，通过贝叶斯马尔可夫链蒙特卡罗模型计算直系同源概率，综合考虑基因树、物种树 reconciliation及序列信号，对比现有方法表现更优。 文件详解 文件名称: Supplementary_Material.pdf 文件格式: PDF...
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苜蓿属基因树不一致性基因组位置与溯祖模拟研究数据集
数据集概述 本数据集围绕苜蓿属（Medicago L.）物种基因树与物种树不一致性问题，基于基因组位置信息和溯祖模拟方法，探究不完全谱系分选、杂交及基因重复等进化过程的影响，包含研究相关的补充图表及数据文件。 文件详解...
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PoMo物种树估计算法补充材料数据集
数据集概述 本数据集为PoMo（基于等位基因频率的物种树估计算法）相关研究的补充材料，涵盖算法原理、模拟测试结果及与现有方法的性能对比，聚焦解决不完全谱系分选导致的物种树与基因树冲突问题。 文件详解 文件名称: DeMaio_Kosiol_SysBio_2014_online_Supplement.pdf 文件格式: PDF 文件内容:...
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蜥蜴属Liolaemus杂交现象研究数据集
数据集概述 本数据集围绕南美蜥蜴属Liolaemus中杂交现象展开研究，包含127个个体的12个核基因与2个线粒体基因分子数据，通过基因树冲突分析及新提出的“额外谱系贡献”统计方法，验证L. boulengeri和L. rothi复合体间的杂交假设，为理解该属进化中杂交的作用提供数据支持。 文件详解 README_for_fasta-...
