数据集概述
本数据集为"野生棘冠海星季节性组织特异性基因表达揭示生殖与应激相关转录系统"研究的补充数据，包含基因表达原始与标准化数据、统计分析结果、可视化脚本、功能注释文件等46个文件，支持研究结果复现与深入分析。
文件详解
该数据集包含46个文件，覆盖数据、分析脚本、图表与注释等类型，具体说明如下：
- 核心数据文件：
- File 1. Raw read counts, and normalised, and average TPMs for individual crown-of-thorns tissue transcriptomes.xlsx.gz：Excel压缩文件，含棘冠海星组织转录组原始读段计数、标准化数据及平均TPM值
- File 2. DESeq2 statistics for comparison of gene expression in crown-of-thorns tissues.xlsx.gz：Excel压缩文件，含DESeq2分析的组织间基因表达差异统计结果
- S1 Table Mapping.xlsx：Excel文件，可能为样本或数据映射表
- S3 Table TissSignifUpreg.xlsx：Excel文件，组织特异性上调基因表
- S4 Table OralAboralDEG.xlsx：Excel文件，口面与反口面差异表达基因表
- S8 Table SeasonWGCNA.xlsx：Excel文件，季节性WGCNA分析结果表
- Orthogroups.tsv：TSV文件，基因正交组数据
- Statistics_Overall.tsv：TSV文件，整体统计结果
- GeneTraitSignificance.csv：CSV文件，基因-性状显著性数据
- annotation.csv：CSV文件，基因注释信息
- module_membership.txt：TXT文件，WGCNA模块成员信息
- go.tb：TB文件，GO注释数据库文件
- gene2go_full_blank.txt：TXT文件，基因到GO术语映射文件
- 分析脚本文件：
- DESeq2_script_COTS_tissues.R：R脚本，棘冠海星组织基因表达差异分析脚本
- heatmap.R：R脚本，热图绘制脚本
- GOenrichment.R：R脚本，GO富集分析脚本
- bubbleplot.R：R脚本，气泡图绘制脚本
- 可视化与图表文件：
- S1 Fig.pdf、S4 Fig.pdf等：PDF文件，研究相关补充图表
- step4-Module-trait-relationships.pdf：PDF文件，模块-性状关联分析结果图
- venn_number_of_orthogroups.svg：SVG文件，正交组数量韦恩图
- CytoscapeInput-edges-turquoise.txt：TXT文件，Cytoscape可视化用边文件（turquoise模块）
- 功能注释与进化分析文件：
- Duplications_per_Species_Tree_Node.tsv：TSV文件，物种树节点基因重复数统计
- SpeciesTree_Gene_Duplications_0.5_Support.txt.pdf：PDF文件，支持度0.5的物种树基因重复分析结果
- Orthogroups.tsv：TSV文件，基因正交组数据
- 其他文件：
- README.md：MD文件，数据集说明文档
- wgcna_supplementary.xlsx：Excel文件，WGCNA补充数据
适用场景
- 海洋生物学研究：分析棘冠海星组织特异性与季节性基因表达模式
- 转录组学分析：复现或扩展差异表达基因、WGCNA模块分析等研究内容
- 进化生物学研究：基于基因重复与正交组数据探究棘冠海星进化特征
- 生物信息学方法应用：学习转录组数据分析流程（DESeq2、WGCNA、GO富集）
- 生态胁迫响应研究：挖掘棘冠海星应激相关转录系统的分子机制
