数据集概述
本数据集包含通过ColabFold工具对野生型人类α-突触核蛋白(alpha-synuclein)及其Ser129Asp突变体进行结构建模的结果,涵盖蛋白质结构模型文件、建模日志、参考文献、预测精度评估图表等多种类型文件,为研究该蛋白质野生型与突变体的结构差异提供数据支持。
文件详解
该数据集包含多种类型的文件,具体说明如下:
- 蛋白质结构模型文件(.pdb格式,共10个):
- 示例文件:humanasynucleinWT_ab597_unrelaxed_model_4.pdb、humanasynS129D_d87ec_unrelaxed_model_2.pdb等
- 内容:野生型及Ser129Asp突变体α-突触核蛋白的未松弛结构模型
- 序列比对文件(.a3m格式,共2个):
- 示例文件:humanasynucleinWT_ab597.a3m、humanasynS129D_d87ec.a3m
- 内容:建模使用的多序列比对数据
- 建模日志文件(.log格式,共2个):
- 示例文件:humanasynucleinWT_ab597.log、humanasynS129D_d87ec.log
- 内容:ColabFold建模过程的详细日志记录
- 参考文献文件(.bibtex格式,共2个):
- 示例文件:humanasynucleinWT_ab597.bibtex、humanasynS129D_d87ec.bibtex
- 内容:建模相关的参考文献引用信息
- 结构评估图表文件(.png格式,共4个):
- 示例文件:humanasynucleinWT_ab597_PAE.png、humanasynS129D_d87ec_coverage_lDDT.png等
- 内容:预测对齐误差(PAE)、覆盖率与局部距离差异测试(lDDT)等结构质量评估图表
适用场景
- 结构生物学研究:分析野生型与Ser129Asp突变体α-突触核蛋白的三维结构差异
- 蛋白质突变功能研究:探究Ser129Asp突变对α-突触核蛋白结构稳定性的影响
- 计算生物学建模验证:验证ColabFold工具对特定蛋白质突变体的结构预测效果
- 神经退行性疾病机制研究:为帕金森病等与α-突触核蛋白相关疾病的机制分析提供结构数据支持