数据集概述
本数据集聚焦黄尾小丑鱼（Amphiprion clarkii）从分布核心到北部边缘的基因组研究，包含38个文件，涉及元数据、基因频率、候选基因注释、群体遗传分析脚本及结果等内容，用于探究选择、基因流与遗传漂变的相互作用，揭示边缘种群的局部适应机制，尤其与年度最低海表温度相关的56个SNP位点及25个候选基因的适应性特征。
文件详解
- 数据文件
- 文件名称：Aclarkii_metadata.csv、polarized_allele_freqs.csv、Contig_length.csv、apcl_raw_bestlhoods.csv、fsc_maxLhood_CI_summary.csv、allele_freqs_all.xlsx、annotations_combined.xlsx、output.hicov2.snps.only.mac2.vcf、relatedness_input_mac2.txt、Aclarkii_ref_transcriptome.fa、apcl.est、apcl.tpl、STRUCTURE_mac2.str
- 文件格式：CSV、XLSX、VCF、TXT、FA、EST、TPL、STR
- 字段映射介绍：包含样本元数据、等位基因频率、基因序列长度、群体遗传分析结果、候选基因注释、SNP位点信息、转录组参考序列、群体结构分析输入文件等；如polarized_allele_freqs.csv含Contig（基因片段）、Japan（日本种群频率）、Status（是否为异常值）、Population（种群）等字段；Contig_length.csv含Contig（基因片段）、Contig length（片段长度）字段。
- 分析脚本文件
- 文件名称：relatedness.R、Diversity_Script.R、XtX_Calibration.R、STRUCTURE_script.R、ECDFS_for_Sim_v_Real_BFs.R
- 文件格式：R
- 内容介绍：用于群体遗传分析的脚本，涵盖亲缘关系计算、遗传多样性分析、校准分析、群体结构分析、似然比检验模拟等功能。
- 说明文档文件
- 文件名称：STRUCTURE_upstream.md、TajimasD_upstream.md、pi_upstream.md、BayPass_upstream.md
- 文件格式：MD
- 内容介绍：包含群体结构分析、Tajima's D分析、核苷酸多样性分析、BayPass分析的上游流程说明。
数据来源
论文“Genomic signatures of spatially divergent selection at clownfish range margins”
适用场景
- 进化生态学研究：分析物种分布核心到边缘的遗传变异模式，探究局部适应与遗传漂变、基因流的相互作用。
- 海洋生物适应性研究：基于与最低海表温度相关的候选基因，研究小丑鱼对环境温度的适应性机制。
- 群体遗传学分析：利用SNP位点及等位基因频率数据，开展种群结构、遗传多样性、亲缘关系等分析。
- 基因组选择信号研究：识别边缘种群的适应性基因位点，验证理论预测的边缘种群适应模型。
- 生物信息学方法应用：参考提供的R脚本及分析流程，复现或拓展群体遗传与基因组选择信号的分析方法。
