数据集概述
本数据集为鳞翅目高级蛾类（Apoditrysia）系统发育研究的RNA-Seq数据，包含46个分类单元（40个Apoditrysia类群+4个外类群+2个已发表类群）的1579个直系同源基因序列，用于探索下一代测序技术对该类群系统发育关系的解析能力，核心为741个严格过滤后的基因矩阵及对比用19基因矩阵。
文件详解
- 说明文档
- 文件名称：README_for_data_matrices_for_Bazinet_et_al_PLOS_ONE_2013.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：无结构化字段，为数据集内容说明文档，解释压缩包内文件的来源与用途
- 数据矩阵压缩包
- 文件名称：data_matrices_for_Bazinet_et_al_PLOS_ONE_2013.zip
- 文件格式：ZIP
- 包含文件：
- 16分类单元数据：lep_16_taxa_19_genes_degen1.nex、lep_16_taxa_741_genes_CONSENSUS_degen1.fasta、lep_16_taxa_741_genes_REPRESENTATIVE_degen1.fasta
- 38分类单元数据：lep_38_taxa_19_genes_degen1.nex、lep_38_taxa_741_genes_CONSENSUS_degen1.fasta、lep_38_taxa_741_genes_REPRESENTATIVE_degen1.fasta
- 45/46分类单元数据：lep_45_taxa_19_genes_degen1.nex、lep_46_taxa_741_genes_CONSENSUS_degen1.fasta、lep_46_taxa_741_genes_REPRESENTATIVE_degen1.fasta
- 格式说明：.nex为NEXUS格式系统发育数据文件，.fasta为FASTA格式基因序列文件
数据来源
论文“Can RNA-Seq resolve the rapid radiation of advanced moths (Lepidoptera: Apoditrysia)? An exploratory study”
适用场景
- 昆虫系统发育研究：用于解析鳞翅目Apoditrysia类群的高级阶元系统发育关系，验证快速辐射类群的进化信号
- 转录组数据应用：探索RNA-Seq技术在解决复杂系统发育问题中的潜力与方法优化
- 直系同源基因分析：研究大规模基因采样对系统发育树支持度的影响，优化直系同源基因过滤策略
- 进化生物学研究：分析Apoditrysia类群多样化性状的起源与进化后果，关联系统发育关系与生物多样性形成机制
