数据集概述
本数据集是论文《An Atlas of Plant Transposable Elements》的支持数据，包含辅助材料数据和代码软件说明两部分，用于支撑植物转座元件图谱的研究工作。数据集共包含2个文件，分别为基因组参考信息表格和转座元件注释步骤文档。
文件详解
- 辅助材料数据
- 文件名称：SuppMat_1.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含Ensembl Plants数据库中所用物种的基因组组装参考访问信息
- 文件名称：SuppMat_2.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：记录了本研究中转座元件注释的简要步骤说明
- 代码和软件
- 内容说明：所有脚本代码、第三方软件及其使用方法以拟南芥基因组为示例，详细记录于GitHub仓库https://github.com/daniellonghi/te_pipeline（MIT许可证），第三方软件请参考其各自使用条款
数据来源
论文《An Atlas of Plant Transposable Elements》
适用场景
- 植物基因组转座元件注释研究：参考SuppMat_2.docx中的注释步骤，辅助开展植物转座元件的注释工作
- 基因组数据资源整合：利用SuppMat_1.xlsx中的Ensembl Plants物种基因组参考信息，进行多物种基因组数据的关联分析
- 生物信息学分析流程构建：借鉴GitHub仓库中的脚本代码和软件使用方法，搭建植物转座元件分析的生物信息学 pipeline
- 植物基因组学研究辅助：为植物转座元件相关的基因组学研究提供数据资源和方法参考
