数据集概述
本数据集为白喉棒状杆菌与巨噬细胞相互作用的蛋白质组学研究数据，包含感染不同时间点的细菌与细胞蛋白质丰度原始数据、差异分析结果、生长曲线、功能注释、蛋白质互作网络及相关分析脚本，共12个文件，用于揭示细菌与巨噬细胞相互作用过程中的蛋白质调控机制。
文件详解
- 原始数据文件
- 文件名称及格式：
Supp_Data_raw_Table2.zip（ZIP）、Raw_Abundance_Data.zip（ZIP），包含THP-1巨噬细胞（M0）和白喉棒状杆菌ISS3319（CD）的LC-MS/MS原始蛋白质丰度数据，经Proteome Discoverer测序得到
- 实验数据文件
CD_growth_curves.xlsx（XLSX）：RPMI+10%FBS条件下CD的生长曲线数据- 摘要与表格文件
CDprot_proteomics_data_summary.xlsx（XLSX）、M0prot_proteomics_data_summary.xlsx（XLSX）：CD与M0蛋白质组学数据摘要Table2.xlsx（XLSX）：补充表格数据Protein_imputation.csv（CSV）：蛋白质缺失值插补数据，包含不同条件下的蛋白质检测频率等字段- 分析脚本文件
CdM0_Uniprot_Heatmaps_toZenodo.R（R）：热图绘制脚本CdM0_proteomics_DGE_and_GSEA_toZenodo.R（R）：差异表达与GSEA分析脚本CdProteomics_APSPs.R（R）、APSPs_cdprots_string.R（R）：APSPs计算脚本Cd_NCTC13129_KEGG_BRITE_DATA.RData.gz（RData.GZ）：KEGG BRITE数据文件- 注释与网络文件
- 包含CD的BLASTP搜索、PFAM clans、InterPro注释，STRING PPI网络及差异蛋白质APSPs数据
适用场景
- 细菌-宿主相互作用机制研究：分析白喉棒状杆菌感染巨噬细胞过程中细菌与宿主的蛋白质调控变化
- 蛋白质组学数据分析：利用原始丰度数据、差异分析结果开展多组学整合研究
- 生物信息学方法应用：通过R脚本复现蛋白质组学数据处理、功能注释及网络分析流程
- 感染生物学研究：探究细菌应对吞噬作用的DNA修复、细胞壁合成等蛋白质响应，以及巨噬细胞先天免疫系统的变化
- 抗菌药物研发靶点筛选：基于差异表达蛋白质识别潜在药物靶点
