数据集概述
本数据集提供BeetRepeats参考序列资源，包含甜菜及近缘种（Beta、Patellifolia属等）所有已鉴定重复序列家族的综合汇编，涵盖卫星DNA、核糖体DNA、转座元件等类型。同时提供该重复序列在EL10、2320BvONT_v1.0、RefBeet1.5三个甜菜基因组组装中的注释结果，适用于RepeatMasker等工具进行重复序列注释与多态性检测。
文件详解
- 参考序列文件
- 文件名称：BeetRepeatDB_v1.0.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含甜菜及近缘种所有已鉴定重复序列家族的参考序列，序列类型涵盖卫星DNA、核糖体DNA、转座元件和内源病毒等。
- 基因组注释文件
- 文件名称：BeetRepeatDB_v1.0_at_EL10.gff、BeetRepeatDB_v1.0_at_2320BvONT_v1.0.gff、BeetRepeatDB_v1.0_at_RefBeet1.5.gff
- 文件格式：GFF
- 字段映射介绍：分别对应EL10、2320BvONT_v1.0、RefBeet1.5三个甜菜基因组组装中重复序列的注释结果，包含重复序列在基因组中的位置、类型等注释信息。
- 内容说明文件
- 文件名称：BeetRepeatDB_v1.0-Content.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：包含所有重复序列家族的详细列表及对应参考文献，说明数据集的内容构成。
数据来源
BeetRepeats资源库（对应论文：McGrath JM等2023、Sielemann K等2023）
适用场景
- 甜菜基因组重复序列注释：利用FASTA参考序列与GFF注释文件，完成甜菜基因组组装的重复序列区域识别与分类。
- 重复序列多态性检测：基于参考序列资源，分析甜菜及近缘种群体中重复序列的变异特征。
- 基因组结构分析：通过重复序列分布规律，研究甜菜基因组的结构组成与进化机制。
- 分子标记开发：基于重复序列的特异性，开发甜菜遗传多样性分析或分子育种用的分子标记。
- 比较基因组学研究：对比不同甜菜基因组组装中重复序列的分布差异，探究基因组进化动态。
