北美海岸平原荚蒾隐存物种RAD测序数据集

数据集概述

本数据集基于限制性位点相关DNA测序(RADseq)技术,结合形态学和地理数据,分析北美东部广泛分布的裸芽荚蒾复合体(Viburnum nudum complex)的物种界定问题,揭示了该复合体中存在的隐存物种多样性。

文件详解

  • 测序结果压缩包:
  • nudum-c88-d6-min50_outfiles.zip、nudum-c88-d6-min40_outfiles.zip、nudum-c88-d6-min20_outfiles.zip、nudum-c88-d6-min10_outfiles.zip:ZIP格式压缩包,包含不同过滤条件下的RADseq测序原始或处理数据
  • 代码文件:
  • Calculate genetic distances.ipynb:Jupyter Notebook格式,用于计算遗传距离的代码文件
  • 形态学数据文件:
  • morphological_trait_data2.txt:TXT格式,包含荚蒾个体的形态学性状数据,字段包括叶柄长度、叶面积、周长、长宽比、叶光泽度、叶缘特征、地理信息(州、县)等
  • 图表与结果文件(PDF格式):
  • S1_heatmap_min40.pdf:热图结果
  • S2_structure.pdf:遗传结构分析结果
  • S3_phylogenetic_results.pdf:系统发育分析结果
  • S7_county_range_maps.pdf:县级分布范围地图
  • S8_SDM_6var.pdf:6变量物种分布模型结果
  • TableS1.pdf:补充表格1

适用场景

  • 植物系统学研究:用于分析荚蒾属植物的物种界定与隐存多样性
  • 进化生物学研究:探究植物物种形成机制及遗传分化模式
  • 生物多样性评估:支持北美东部植物区系的物种多样性调查
  • 分子生态学研究:分析遗传数据与形态、地理数据的关联
  • 物种分布模型构建:基于遗传和环境数据预测物种潜在分布区
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数据与资源

附加信息

字段
作者 Maxj
版本 1
数据集大小 593.77 MiB
最后更新 2025年12月7日
创建于 2025年12月7日
声明 当前数据集部分源数据来源于公开互联网,如果有侵权,请24小时联系删除(400-600-6816)。