数据集概述
该数据集包含Bioconductor工作流所需的文件，用于处理、评估和解释表达蛋白质组学数据，包括Proteome Discoverer处理及共识工作流文件、鉴定搜索输出文件、参考序列文件和附录文档，支持TMT与LFQ两种表达蛋白质组学数据分析。
文件详解
- 工作流配置文件：
- tmt_consensus.pdConsensusWF、lfq_consensus.pdConsensusWF：.pdConsensusWF格式，TMT与LFQ数据的共识工作流配置文件
- tmt_processing.pdProcessingWF、lfq_processing.pdProcessingWF：.pdProcessingWF格式，TMT与LFQ数据的处理工作流配置文件
- 结果输出文件（.txt格式）：
- cell_pellet_tmt_efficiency_psms.txt、cell_pellet_tmt_results_psms.txt、supernatant_lfq_results_peptides.txt：包含PSMs（肽段-谱图匹配）或肽段结果数据
- cell_pellet_tmt_results_proteins.txt、supernatant_lfq_results_proteins.txt：包含蛋白质水平的结果数据
- 序列参考文件（.fasta格式）：
- 220813_universal_protein_contaminants_Haogroup.fasta：通用蛋白质 contaminants 序列库
- 220813_swissprot_reviewed_human_proteome_noIsoforms.fasta：无异构体的人类SwissProtReviewed蛋白质组序列库
- 附录文档：
- appendix.pdf：PDF格式，工作流的附录说明文档
适用场景
- 蛋白质组学数据分析：辅助使用Bioconductor工作流完成TMT/LFQ表达蛋白质组学数据的处理与解读
- 生物信息学方法验证：验证Proteome Discoverer与Bioconductor整合的蛋白质组学分析流程
- 细胞蛋白质研究：支持基于细胞、上清样本的蛋白质表达定量结果分析
- 实验方法参考：通过附录文档了解表达蛋白质组学数据处理的实验设计与分析细节
