数据集概述
本数据集聚焦荠菜（Capsella bursa-pastoris）这一异源多倍体植物，通过基因分型测序获取261份欧亚大陆样本的4274个SNP位点，分析其基因组多样性、种群结构及殖民化历史，揭示其从中东向欧洲、东亚扩张的多阶段过程，为多倍体植物进化研究提供数据支持。
文件详解
- README文件
- 文件名称：
README_for_merged_filt_depth_75_200_ssduplicateindANDsnp-ssblanck_DEF_for_structure.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含数据处理流程说明、文件用途注释及结构分析相关参数说明
- 基因型数据文件
- 文件名称：
merged_filt_depth_75_200_ssduplicateindANDsnp-ssblanck_DEF_for_structure.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：存储经过质量控制的SNP基因型数据，包含样本ID、染色体位置、等位基因信息及基因型调用结果
- 结构分析输入文件
- 文件名称：
ADMIXTURE_INPUT_4274SNPS-def.zip
- 文件格式：ZIP（压缩包）
- 字段映射介绍：包含用于ADMIXTURE软件进行种群结构分析的输入数据，基于4274个SNP位点构建
- 遗传距离数据文件
- 文件名称：
Genetic_AND_metric_distance_per_cluster.zip
- 文件格式：ZIP（压缩包）
- 字段映射介绍：包含各遗传聚类的遗传距离与地理距离数据，支持种群分化及空间分布分析
数据来源
论文“Genomic signature of successful colonization of Eurasia by the allopolyploid shepherd's purse (Capsella bursa-pastoris)”
适用场景
- 多倍体植物基因组进化研究: 分析荠菜异源多倍体化后的基因组多样性及种群分化模式
- 植物殖民化历史重建: 利用SNP数据及ABC模型推断荠菜欧亚扩张的时空路径
- 种群遗传学分析: 通过ADMIXTURE输入数据开展种群结构划分与遗传聚类研究
- 分子生态学应用: 结合遗传距离与地理距离数据，探究荠菜种群扩散的驱动因素
- 多倍体植物基因流研究: 分析不同地理种群间的基因交流强度及隔离机制
