数据集概述
本数据集是cartloader公开教程的组成部分，基于Pixel-seq小鼠数据集，展示如何使用cartloader工具包分析空间转录组学数据，并将其转换为网络优化的空间索引PMTiles文件，支持下游分析、交互式网络可视化及跨平台数据共享。数据集包含六十九个文件，涵盖SGE数据集及FICTURE分析的空间因子相关PMTiles文件等。
文件详解
- PMTiles文件（共57个）
- 文件名称：如genes_bin43.pmtiles、genes_bin13.pmtiles等
- 文件格式：PMTiles
- 字段映射介绍：网络优化的空间索引文件，用于空间转录组学数据的交互式可视化与共享
- TSV文件（共10个）
- 文件名称：如t18-f6-info.tsv、t18-f6-model.tsv、t18-f6-de.tsv等
- 文件格式：TSV
- 字段映射介绍：包含信息文件（如Factor、RGB、Weight等字段）、模型文件（如Feature、基因表达值等字段）、差异表达分析文件等
- JSON文件（共1个）
- 文件名称：genes_bin_counts.json
- 文件格式：JSON
- 字段映射介绍：基因分箱计数相关的JSON数据
- YAML文件（共1个）
- 文件名称：catalog.yaml
- 文件格式：YAML
- 字段映射介绍：数据集目录配置文件
数据来源
cartloader公开教程（https://seqscope.github.io/cartloader/vignettes/subregion_tutorials/pixelseq/）及cartloader工具包（https://seqscope.github.io/cartloader/）
适用场景
- 空间转录组学数据分析: 利用cartloader工具包对Pixel-seq小鼠数据集进行处理与分析
- 空间转录组学数据可视化: 使用PMTiles文件实现交互式网络可视化
- 生物信息学工具教程实践: 作为cartloader工具包教程的结果数据，支持用户学习与验证
- 跨平台数据共享: 通过网络优化的PMTiles文件实现空间转录组学数据的跨平台共享
- 空间因子分析: 基于FICTURE分析的空间因子数据开展相关研究
