数据集概述
本数据集是论文“Congruity of genomic and epidemiological data in modeling of local cholera outbreaks”的配套数据，包含阿根廷旅行数据、系统发育分析用BEAST XML文件及病例计数数据，共4个文件，用于霍乱疫情建模中基因组与流行病学数据的一致性分析。
文件详解
- 阿根廷旅行数据文件
- 文件名称：travel.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含阿根廷相关的旅行数据，以数值矩阵形式呈现，具体字段未明确标注
- 系统发育分析文件
- 文件名称：threecity_free-p_free-m.xml、threecity_fixed-p_free-m.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：BEAST软件的输入文件，用于霍乱疫情相关的系统发育分析，包含分析参数设置与数据配置
- 病例计数数据文件
- 文件名称：joined_metadata_with_seq_lanes_and_geo_MANUAL_EDIT.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含菌株原始名称、血清群、血清型、分离日期、地理来源、基因组检测指标（如ctxA、tcp）等病例相关元数据字段
数据来源
论文“Congruity of genomic and epidemiological data in modeling of local cholera outbreaks”
适用场景
- 霍乱疫情建模研究：用于分析基因组数据与流行病学数据在地方霍乱疫情建模中的一致性
- 系统发育分析：基于BEAST XML文件开展霍乱菌株的系统发育关系研究
- 疫情传播路径分析：利用阿根廷旅行数据探索人员流动对霍乱疫情传播的影响
- 病例数据整合分析：通过病例计数数据整合基因组与流行病学信息，支持疫情特征研究
