数据集概述
本数据集为Chorthippus属蚱蜢的种群基因组扫描数据，包含三种蚱蜢（Chorthippus biguttulus、C. mollis、C. brunneus）的基因组变异信息。通过RNA-seq技术分析物种间功能变异，识别受选择位点及相关基因，涉及鸣叫、听觉、食性偏好等表型分化相关基因，共14个文件。
文件详解
- 基因组变异文件（.vcf格式，共9个）
- 文件名称示例：finalfiltered_brumol_maf10.recode.vcf、finalfiltered.bigbru.females.recode.vcf等
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：记录三种蚱蜢物种对（biguttulus-mollis、biguttulus-brunneus、mollis-brunneus）的单核苷酸多态性（SNP）位点信息，包含过滤后（filtered）的种群、性别特异性（如females/males）及最小等位基因频率（maf10）筛选的变异数据
- 参考序列文件
- 文件名称：Cbig_consRef.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：Chorthippus biguttulus的参考基因组序列
- 压缩分析文件（.zip格式，共3个）
- 文件名称：Lositan files 2.zip、Structure Files.zip、Bayescan input files.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含种群遗传分析工具（Lositan、Structure、Bayescan）的输入文件
- 样本信息文件
- 文件名称：PopGen_grasshopper_IDs.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：蚱蜢种群基因组样本的ID信息
数据来源
论文“A population genomic scan in Chorthippus grasshoppers unveils previously unknown phenotypic divergence”
适用场景
- 进化生物学研究：分析蚱蜢物种间分化的遗传机制，探究物种形成过程中的选择压力
- 种群基因组学分析：利用SNP位点数据研究种群结构、基因流及遗传多样性
- 表型分化遗传基础研究：识别与鸣叫、听觉、食性偏好等表型相关的候选基因
- 功能基因组学研究：通过非同义SNP分析，解析受选择基因的功能变异及适应性进化
- 行为生态学验证：结合食性偏好行为实验数据，关联遗传变异与表型差异
