数据集概述
本数据集为西古北界蓝山雀（Cyanistes spp.）进化历史研究的基因组分析数据，包含桑格测序与RAD测序的系统发育树文件、序列矩阵、脚本及说明文档，支持解析其多殖民事件辐射与隔离演化过程，共16个文件。
文件详解
- 说明文档（.txt）
- 文件名称：如README_for_Sanger_starBEAST_speciestree_Fig2a.txt、Log_and_custom_scripts.txt等6个文件
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：各README文件对应不同系统发育树（如Fig2a、Fig2b、Fig4及补充图）的说明，包含文件用途、分类单元名称对应关系；Log_and_custom_scripts.txt记录RAD数据分析工作日志
- 系统发育树文件（.nex、.nwk）
- 文件名称：如Sanger_starBEAST_speciestree_Fig2a.nex、RAD_concat_tree_RELAXED_Fig4.nwk等5个文件
- 文件格式：NEX、NWK
- 字段映射介绍：存储不同分析方法（starBEAST、SNAPP、串联树）生成的系统发育树结构，对应论文中的关键图表
- 序列矩阵压缩包（.zip）
- 文件名称：RAD_super-matrices_phylip.zip、RAD_SNP_matrix_nexus.zip、Sanger_alignments_nexus.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含RAD测序的超级矩阵（phylip格式）、SNP矩阵（nexus格式）及桑格测序的序列比对文件（nexus格式）
- 其他文件
- 文件名称：concatenatenexus_edMSR.pl（.pl）、Sanger_starBEAST_marker_trees.tar.gz（.gz）
- 文件格式：PL、GZ
- 字段映射介绍：pl文件为序列拼接脚本；gz文件为桑格测序标记树的压缩包
数据来源
论文“Disentangling the complex evolutionary history of the Western Palearctic blue tits (Cyanistes spp.) – phylogenomic analyses suggest radiation by multiple colonisation events and subsequent isolation”
适用场景
- 物种系统发育研究：利用系统发育树文件分析蓝山雀的演化关系与分类地位
- 种群遗传学分析：通过SNP矩阵与序列比对数据探究种群遗传变异及分化
- 演化历史重建：结合多标记数据解析蓝山雀的殖民事件、隔离过程与种群动态
- 生物信息方法验证：对比不同分析方法（starBEAST、SNAPP）的系统发育推断结果，优化研究设计
