数据集概述
本数据集为蓝山雀（Cyanistes caeruleus）的基因组与转录组特征研究数据，包含参考基因组组装、雌雄转录组映射、全基因组变异鉴定及性别差异表达分析结果，涉及性腺、脑等组织，可用于探究自然选择与性选择的遗传基础，共8个文件。
文件详解
- 选择信号分析文件
- 文件名称：RNAseq10ind_mandfcuff_25kb.Tajima.D
- 文件格式：.D
- 字段映射介绍：包含基于25kb窗口的Tajima's D值，反映基因组区域的选择压力特征
- 变异与选择信号压缩文件
- 文件名称：RNAseq_5ind_mspeccuffsnpsel1_eff.zip、RNAseq_5ind_fspeccuffsnpsel1_eff.zip、RNAseq_10ind_mandfcuffsnpsel1_eff.zip
- 文件格式：.zip
- 字段映射介绍：分别包含5只雄性、5只雌性、10只雌雄混合个体的SNP变异及选择信号分析结果压缩包
- 选择信号统计文件
- 文件名称：resihs_allscaff2.txt
- 文件格式：.txt
- 字段映射介绍：包含CHR（ scaffold编号）、POSITION（位置）、iHS（整合单倍型得分）、Pvalue（显著性P值）等选择信号相关字段
- 基因表达差异分析文件
- 文件名称：Cuffdiff_organs_gene_exp.diff、Cuffdiff_gonads_gene_exp.diff、Cuffdiff_brain_gene_exp.diff
- 文件格式：.diff
- 字段映射介绍：分别包含不同器官、性腺、脑组织的基因表达差异分析结果，涉及性别偏倚表达信息
数据来源
Max Planck Institute（MPG）公共基因组浏览器：http://public-genomes-ngs.molgen.mpg.de/
适用场景
- 基因组选择信号研究：利用Tajima's D、iHS值分析蓝山雀基因组的适应性进化区域
- 性别差异表达分析：基于性腺、脑组织的表达数据探究雌雄基因表达的偏倚特征
- 遗传多态性研究：通过SNP数据解析蓝山雀种群的遗传变异模式
- 生态适应性机制探究：结合候选基因信息研究自然选择与性选择对蓝山雀表型的调控机制
