数据集概述
本数据集围绕大麦属（Hordeum）物种的系统发育及多倍体关系展开，通过结合PCR与下一代测序技术，对13个基因座（含1个叶绿体基因和12个核单拷贝基因座）的序列数据进行分析，首次在单一分析中揭示所有二倍体和多倍体大麦属物种的系统发育及祖裔关系。
文件详解
- 文档文件：
- Supplementary_Information_SysBio.pdf：PDF格式，补充信息文档，可能包含研究方法、结果细节等背景内容
- 数据文件：
- Diploids_concat_MatK.nex：NEXUS格式，二倍体样本叶绿体matK基因序列与核基因座序列的串联数据集
- MatK_diploids_corrected_Dvi.nex：NEXUS格式，经校正的二倍体样本叶绿体matK基因序列数据集
- 26_loci.nex：NEXUS格式，包含26个基因座的序列数据集
- Diploids_concat_MatK.nex.con.tre：树文件格式，二倍体串联数据集的一致性系统发育树
- MatK_diploids_corrected.nex.con.tre：树文件格式，校正后二倍体matK基因序列的一致性系统发育树
- 26_loci.nex.con.tre：树文件格式，26个基因座数据集的一致性系统发育树
- 12_loci_MatK_RLC_combined.species.tree：树文件格式，12个核基因座与matK基因结合的物种树
- 表格文件：
- TableS1.xls：Excel格式，补充表格1，可能包含样本信息、基因座详情等
- TableS2.xls：Excel格式，补充表格2，可能包含序列分析统计、系统发育参数等
- 其他文件：
- 12_loci_MatK_RLC.xml：XML格式，12个核基因座与matK基因的分析参数或结果文件
- 12_loci.concordance：一致性分析结果文件，包含12个核基因座的基因树一致性信息
适用场景
- 植物系统发育研究：解析大麦属二倍体与多倍体物种的亲缘关系及演化历史
- 多倍体起源分析：基于叶绿体matK基因识别多倍体类群的母本祖先
- 分子进化分析：评估不完全谱系分选和杂交对多基因座系统发育结果的影响
- 测序技术应用研究：验证PCR结合下一代测序技术在多倍体物种系统发育分析中的可行性
- 生物信息学方法比较：对比不同多基因座系统发育分析方法的性能差异
