数据集概述
本数据集为研究低静电环境对肽和蛋白质螺旋结构影响的分子模拟研究资料，包含基于柔性水模型的分子动力学模拟输入文件、轨迹文件及统计分析结果，覆盖膜蛋白（如GPR40、Rv2617c）、纯组分体系及多种肽（如AB42、艾塞那肽）的模拟数据。
文件详解
该数据集按研究对象分类存储，具体说明如下：
- 膜蛋白模拟文件（位于MemProt/目录下）：
- 子目录按蛋白（GPR40、Rv2617c）及水模型（FBAe、FBAmem、T4Fmem等）划分，如GPR40/FBAe/
- 包含.ndx（索引文件）、.mdp（模拟参数文件）、.gro（结构文件）、.xtc（轨迹文件）、.top（拓扑文件）等
- 纯组分体系数据文件（位于PureComp/目录下）：
- 包含.xvg、.xmgr格式的统计分析文件，如mu_FBA-309.xvg（化学势数据）、DiffCoefWM-temp.xmgr（扩散系数数据）、rdf_t4fModel.xvg（径向分布函数数据）等
- DefaultDataset.csv：包含纯组分体系的数值型数据
- 肽模拟统计文件（位于Peptides/目录下）：
- 按肽类型（AB42、Exen、Lira等）的Statistics子目录划分
- 包含.png、.svg格式的可视化文件（如HB-AB42_WMb.png为氢键分析图），及.xmgr、.xvg格式的统计数据文件（如RMSF-AB42_WM.xmgr为均方根波动数据）
- 力场文件（位于oplsaa_membrane.ff/目录下）：
- 包含.itp（拓扑包含文件）、.tdb（力场数据库文件）、.rtp（残基拓扑文件）等分子动力学力场参数文件
适用场景
- 结构生物学研究：分析低静电环境对膜蛋白及肽螺旋结构稳定性的影响
- 计算化学模拟：验证柔性水模型在分子动力学模拟中的适用性
- 生物物理分析：探究水模型参数与生物分子结构-功能关系
- 药物设计辅助：为肽类药物的结构优化提供分子模拟数据支持
