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标签: XVG

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  • MD_Based_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_1Mol_scaled_双层膜动力学完整数据

    2025年12月21日 30 179 163

    数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜与1摩尔氯化钠的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用OPLS-AA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟条件为323K，含72个脂质、2778个SPC水分子及51对钠氯离，轨迹时长120纳秒。 文件详解 模拟核心文件：...
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  • DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_1Mol_Based_磷脂双分子层动力学模拟完整数据

    2025年12月21日 30 23 3

    数据集概述 该数据集包含1摩尔浓度氯化钠溶液中完全水合的DPPC双层膜的分子动力学模拟轨迹及相关文件，采用OPLSAA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟条件为323K，含72个脂质分子、2778个SPC水分子及51对钠氯离，轨迹时长120纳秒，分析最后60纳秒数据。 文件详解 模拟参数与配置文件： md.mdp：模拟参数文件，记录模拟条件设置...
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  • SND3膜插入酶分子动力学模拟数据集

    2025年12月19日 30 208 39

    数据集概述 本数据集包含研究论文“SND3 is the membrane insertase within a distinct SEC61 translocon complex”相关的分子动力学模拟文件，涵盖原子级和粗粒化模拟的参数、配置及分析代码，支持复现研究中的计算与可视化结果。 文件详解 文件名称:...
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  • OmpF通道残基电离预测的恒pH分子动力学模拟输入输出数据集

    2025年12月18日 30 69 13

    数据集概述 本数据集包含用于复现OmpF通道残基电离预测恒pH分子动力学（CpH-MD）模拟的输入文件及部分输出文件，作为预印本研究的补充资源，支持模拟可重复性与进一步分析。 文件详解 文件名称：Arxiu.zip 文件格式：ZIP压缩包 压缩包内包含（位于CpH-MD-DPPC目录）： 参数文件（.mdp格式）：恒pH分子动力学模拟参数配置...
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  • DPPC_Berger_OPLS06_Based_盐环境下DPPC双层膜分子动力学完整数据

    2025年12月14日 30 109 60

    数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，采用OPLSAA兼容的Berger-DPPC-06力场，模拟时长120纳秒，分析了最后60纳秒的数据，为研究DPPC膜在盐环境中的结构与动力学提供支持。 文件详解 模拟配置与力场文件：...
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  • Peter_Tieleman_DPPC_Berger_NaCl_Based_1molNaCl下DPPC双层膜MD模拟完整数据

    2025年12月6日 30 17 3

    数据集概述 该数据集包含1摩尔氯化钠（NaCl）环境下完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件。采用Berger-DPPC-98力场和Gromos离子力场，模拟条件为323K、72个脂质分子、2778个SPC水分子及51对Na/Cl离子，轨迹时长120纳秒，分析使用最后60纳秒数据。 文件详解 分子动力学参数与拓扑文件：...
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  • DPPC_Berger_NaCl_scaled分子动力学模拟数据集

    2025年12月6日 30 187 13

    数据集概述 该数据集包含150mM氯化钠溶液中完全水合的DPPC双层膜的分子动力学模拟轨迹及相关文件。使用Peter Tieleman提供的Berger-DPPC-98力场与Gromacs...
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  • Gromacs_DPPC_Berger_OPLS06_NaCl_Based_盐溶液中DPPC双层膜120ns模拟完整数据

    2025年12月6日 30 138 56

    数据集概述 本数据集包含150mM NaCl溶液中完全水合DPPC双层膜的分子动力学（MD）模拟轨迹及相关文件，采用Berger-DPPC-06力场与Gromacs 4.6.7生成，离子电荷缩放系数为0.7，提供120ns模拟数据及后60ns分析结果。 文件详解 模拟轨迹文件: md.xtc: 轨迹文件，存储120ns模拟的原子坐标信息...
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  • PeterTielemanLab_DPPC_Berger_NaCl_1Mol_Based_盐环境下DPPC双层膜动力学完整数据

    2025年12月6日 30 42 29

    数据集概述 本数据集包含完全水合的DPPC双层膜在1摩尔氯化钠环境下的分子动力学模拟轨迹及相关文件，基于Berger-DPPC-98力场和Gromacs 5.0.4软件生成，离子电荷缩放系数为0.7，模拟时长120纳秒。 文件详解 分子动力学模拟文件： md.gro：GROMACS结构文件，存储模拟系统的原子坐标与拓扑信息...
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  • 肺炎克雷伯菌LpxC抑制剂早期理性结构药物设计数据集

    2025年12月5日 30 162 74

    数据集概述 本数据集包含肺炎克雷伯菌LpxC抑制剂早期理性结构药物设计相关数据，涵盖LpxC初始及优化模型、分子对接构象，以及100纳秒分子动力学模拟记录的XVG、Excel数据文件和图像等内容。 文件详解 文件名称：Final_LpxC_Repository.zip 文件格式：ZIP（压缩包）...
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  • 油水混合物中脂质的粗粒化分子动力学模拟数据集

    2025年11月29日 30 65 30

    数据集概述 本数据集记录了使用粗粒化分子动力学模拟技术研究油水混合物中脂质自组装行为的过程与结果，采用MARTINI力场简化分子模型，平衡计算效率与细节精度，包含模拟数据、图像及分析文件等61个文件。 文件详解 模拟数据与分析文件： 无扩展名文件（如ATT00007、frame 3、frame 2）：可能为模拟原始输出或中间数据文件...
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  • 低静电环境对肽和蛋白质螺旋结构影响的分子模拟数据集

    2025年11月26日 30 38 30

    数据集概述 本数据集为研究低静电环境对肽和蛋白质螺旋结构影响的分子模拟研究资料，包含基于柔性水模型的分子动力学模拟输入文件、轨迹文件及统计分析结果，覆盖膜蛋白（如GPR40、Rv2617c）、纯组分体系及多种肽（如AB42、艾塞那肽）的模拟数据。 文件详解 该数据集按研究对象分类存储，具体说明如下： - 膜蛋白模拟文件（位于MemProt/目录下）：...
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