数据集概述
本数据集为薯蓣属（Dioscorea）系统发育基因组研究定制的核基因靶标富集面板相关数据，包含260个低拷贝至单拷贝核基因的诱饵序列、靶标基因特征、基因分区方案、序列长度、统计摘要、基因树、序列比对及与现有被子植物面板的比较文件，可支持薯蓣属系统发育关系解析及栽培种起源研究。
文件详解
- 文件名称：
SotoGomez_Dioscorea_BaitSeqs.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含针对薯蓣属设计的260个核基因靶标的诱饵序列
- 文件名称：
SotoGomez_AppendixS1_TargetGeneCharacterization.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：靶标基因的特征描述数据
- 文件名称：
SotoGomez_AppendixS4_GenePartitioningScheme.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：基因分区方案相关数据
- 文件名称：
SotoGomez_AppendixS5_Coding+NonCodingSeq_Length.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：编码与非编码序列长度数据
- 文件名称：
SotoGomez_AppendixS6_TargetGeneSummaryStats.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：靶标基因的汇总统计信息
- 文件名称：
SotoGomez_IndividualTargetGeneTrees.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：单个靶标基因树的压缩文件
- 文件名称：
SotoGomez_IndividualTargetGeneAlignments.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：单个靶标基因序列比对的压缩文件
- 文件名称：
SotoGomez_AppendixS8_DioscoreaKit_AngiospermV1kit_Comparison.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：本研究定制面板与AngiospermV1kit的比较数据
- 文件名称：
SotoGomez_AppendixS7_DioscoreaKit_Angiosperm353kit_Comparison.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：本研究定制面板与Angiosperm353kit的比较数据
数据来源
论文“A customized nuclear target enrichment approach for developing a phylogenomic baseline for Dioscorea yams (Dioscoreaceae)”
适用场景
- 薯蓣属系统发育关系研究: 利用基因树、序列比对数据解析薯蓣属内深层及近期演化关系
- 靶标富集面板评估: 通过序列长度、统计摘要及与现有面板的比较，评估定制核基因靶标富集面板的性能
- 栽培薯蓣起源分析: 支持栽培薯蓣物种独立起源的研究，厘清栽培种与野生近缘种的关系
- 薯蓣科基因组学研究: 为薯蓣目范围内的系统发育基因组研究提供工具与数据参考
- 作物野生近缘种鉴定: 辅助识别栽培薯蓣的潜在野生近缘种资源
