数据集概述
本数据集包含西南印度洋4种Pocillopora珊瑚的种群基因组数据，通过目标捕获技术获取单核苷酸多态性（SNPs），覆盖9个采样点的千余个珊瑚群体。数据用于分析种群遗传结构、连通性及 demographic 历史，为珊瑚礁保护提供遗传学依据，共含16个文件。
文件详解
- 核心数据文件
- 文件名称：Pverru_185DNA_14333SNP.vcf、Pocillopora_1030DNA_1559SNP.vcf、Pvillo_102DNA_13167SNP.vcf、Pacuta_246DNA_17440SNP.vcf、Pmeand_497DNA_13909SNP.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：包含不同Pocillopora物种（如P. verrucosa、P. acuta等）的DNA样本及对应的SNP位点信息
- 筛选位点文件
- 文件名称：List_Pacuta_1493SNP_noLD.txt、List_1559SNP_noLD_SpID.txt、List_Pvillo_1351SNP_noLD.txt、List_Pmeand_1412SNP_noLD.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：无连锁不平衡（LD）的SNP位点列表，用于后续遗传分析
- 样本信息文件
- 文件名称：DB_Pocillopora_connectivity_WIO_1030DNA.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：包含样本名称、生物样本编号、物种、采样点等元数据
- 说明文档
- 文件名称：README.md
- 文件格式：MD
- 字段映射介绍：数据集说明文档，含数据来源、使用方法等信息
- 分析文档
- 文件名称：Command_line_examples.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：数据处理及分析的命令行示例
- 其他文件
- 文件名称：example.blueprint
- 文件格式：blueprint
- 字段映射介绍：示例蓝图文件
数据来源
Dryad 数据库（https://doi.org/10.5061/dryad.pnvx0k6vw），对应论文“Same places, same stories? Genomics reveals similar structuring and demographic patterns for four Pocillopora coral species in the southwestern Indian Ocean”
适用场景
- 珊瑚种群遗传学研究: 分析Pocillopora珊瑚的遗传结构、连通性及种群历史
- 海洋保护规划: 基于遗传分化结果制定区域珊瑚礁保护策略，如区分马达加斯加与马斯克林群岛的保护单元
- 气候变化响应研究: 探究珊瑚种群对冰川期等历史环境变化的响应，预测其对当前气候变化的适应能力
- 分子生态学方法验证: 验证目标捕获技术在珊瑚基因组研究中的应用效果
- 珊瑚繁殖策略分析: 比较有性与无性繁殖珊瑚（如P. acuta）的遗传多样性差异
