数据集概述
本数据集围绕高山步甲虫Nebria vandykei的环境适应展开研究,包含RNA测序分析的环境胁迫响应分子通路、与近缘物种的进化关系分析,以及高低海拔种群间正选择作用的检测结果,涉及冷、热、干旱胁迫下的基因表达与适应性进化机制。
文件详解
- README.md
- 文件格式:MD
- 字段映射介绍:描述Dryad数据仓库内容,包含研究背景、文件说明及分析流程(如生成VCF文件的工作流、MK/HKA检验脚本、差异表达分析脚本等)
- Transcriptomes.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含转录组测序相关数据,用于分析环境胁迫响应的分子通路及物种进化关系
- Scripts.zip
- 文件格式:ZIP
- 字段映射介绍:包含分析脚本,如MK_HKA.R(执行MK和HKA检验)、DESeq.R(执行差异表达分析)等
数据来源
Dryad数据仓库
适用场景
- 昆虫环境适应机制研究: 分析高山步甲虫在冷、热、干旱胁迫下的分子通路响应规律
- 物种进化关系分析: 基于转录组数据探究Nebria vandykei与近缘物种的系统发育及分化历史
- 适应性进化检测: 利用高低海拔种群对比,研究胁迫响应通路及低温、低氧耐受相关基因的正选择作用
- 生物信息学方法应用: 参考转录组分析、进化树构建及选择压力检测的脚本与工作流程