数据集概述
本数据集包含加州红木林特有濒危植物Dudley's lousewort（Pedicularis dudleyi）的种群遗传学、种群动态及进化历史数据。通过ddRAD SNP和Sanger测序技术，分析其遗传多样性、种群结构、近期瓶颈效应及与近缘种P. rigginsiae的遗传分化，为濒危物种保护提供科学依据。数据集包含6个相关文件。
文件详解
- Associated_Info_Pedicularis_Data_Dryad.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：数据集关联信息文档，可能包含实验设计、样本信息、数据处理方法等说明性内容
- PedumatKclean.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：清理后的序列数据文件，通常包含核酸序列信息，用于遗传分析
- DIYABC_maf0.01_3pop_Final_cleaned_data_pedu_only_single_snp.DIYABC.snp
- 文件格式：SNP
- 字段映射介绍：适用于DIYABC软件的单核苷酸多态性（SNP）数据，用于种群动态历史模拟分析
- FINAL_cleaned_data_pedu_only_single_snp.vcf.recode.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：变异调用格式（VCF）文件，包含清理后的单核苷酸多态性位点信息，记录样本的基因型数据
- Genepop_Final_cleaned_data_pedu_only_single_snp.p.snps.gen
- 文件格式：GEN
- 字段映射介绍：适用于Genepop软件的遗传数据文件，用于种群遗传学分析，如 Hardy-Weinberg 平衡检验、种群分化指数计算等
- Structure_Final_cleaned_data_pedu_only_single_snp.ORDERED.structure
- 文件格式：STRUCTURE
- 字段映射介绍：适用于Structure软件的输入数据文件，用于种群结构分析，推断种群遗传聚类
数据来源
Dryad开放数据平台（数据关联论文：Population genetics, demographic and evolutionary history of the Dudley's lousewort, a rare redwood forest specialist (Pedicularis dudleyi)）
适用场景
- 濒危植物遗传多样性研究: 分析Pedicularis dudleyi的遗传多样性水平、种群结构及分化程度
- 种群动态历史重建: 利用DIYABC数据模拟种群瓶颈效应、扩张或收缩历史，揭示物种濒危机制
- 物种界定与分类学研究: 通过遗传数据验证P. dudleyi与P. rigginsiae的物种界限，支持分类学修订
- 濒危物种保护策略制定: 基于遗传分化和种群结构数据，制定针对性的就地保护、迁地保护或遗传拯救策略
- 植物进化生物学研究: 探讨红木林特有植物的适应性进化、物种形成过程及对环境变化的响应机制
