数据集概述
本数据集围绕澳大利亚特有多样化辐射类群——pygopodoid壁虎的宏进化动态展开，包含系统发育基因组学数据、生物地理学分析文件、时间校准的系统发育树及相关分析代码，旨在探究全球气候冷却与大陆干旱化对其进化轨迹的影响，验证类群历史中的大规模周转事件及干旱区作为多样性来源的作用。
文件详解
- 基因组数据文件
- 文件名称：mtDNA+nDNA.zip、nDNA.zip
- 文件格式：ZIP（压缩包）
- 字段映射介绍：包含线粒体DNA（mtDNA）与核DNA（nDNA）序列数据，用于构建系统发育树及遗传多样性分析
- 系统发育分析文件
- 文件名称：Pygopodoidea.total.300mil.xml、Pygopodoidea.nuclear.all.300mil.xml、Pygopodoidea.tre
- 文件格式：XML、TRE
- 字段映射介绍：XML文件为BEAST分析的参数配置文件，包含300万代的系统发育推断设置；TRE文件为时间校准后的系统发育树结果
- 生物地理学分析文件
- 文件名称：DRYAD.GeoSSE.files.zip、DRYAD.BioGeoBEARS.Pygopodoidea.zip
- 文件格式：ZIP（压缩包）
- 字段映射介绍：包含GeoSSE与BioGeoBEARS分析所需的输入数据与结果文件，用于探究类群的生物地理历史
- 宏进化动态分析文件
- 文件名称：DRYAD.Pygopodoidea.TreePar.R、DRYAD.TESS.Analysis Loop.R、Mass Extinction BF.gif
- 文件格式：R、GIF
- 字段映射介绍：R脚本用于TreePar（物种形成灭绝分析）与TESS（时间依赖的物种分化率分析）；GIF文件为大灭绝事件的贝叶斯因子可视化结果
- 校准方案相关文件
- 文件名称：Alternative Fossil Calibration Schemes.zip、README_for_Alternative Fossil Calibration Schemes.txt
- 文件格式：ZIP、TXT
- 字段映射介绍：包含替代化石校准方案的配置文件与说明文档，用于验证分歧时间估计的稳健性
数据来源
论文“Mass turnover and recovery dynamics of a diverse Australian continental radiation”
适用场景
- 生物宏进化动态研究: 分析pygopodoid壁虎类群的物种形成、灭绝速率及与气候事件的关联
- 生物地理学分析: 探究澳大利亚特有类群的地理分布历史与大陆板块运动的关系
- 系统发育基因组学研究: 利用线粒体与核DNA数据构建高精度的时间校准系统发育树
- 气候驱动的进化响应分析: 验证始新世-渐新世冷却与中新世干旱化对类群进化轨迹的影响
- 化石校准稳健性评估: 测试不同化石校准方案对分歧时间估计结果的影响
- 干旱区生物多样性来源研究: 分析干旱环境作为多样性来源而非进化终点的机制
