数据集概述
本数据集围绕短柄草属多倍体植物的亚基因组溯源展开，包含通过转录组系统发育、亚基因组检测算法及染色体条形码分析得到的结果，涉及现存二倍体物种及未知幽灵祖先基因组的鉴定，为解析多倍体形成机制提供数据支持。
文件详解
- 文档类文件:
- README_DRYAD_files.pdf: PDF格式，可能包含数据集文件说明、使用方法等文档内容
- 系统发育与比对文件:
- 格式为.nex的文件（如Fig_S5a_Brachypodium_nuclear_diploid_skeleton_tree.nex）: 可能包含系统发育树数据、序列比对分区信息等
- 格式为.txt的文件（如Fig_2b_c_Triticum_alignment_partitions.txt）: 可能包含序列比对分区的文本说明
- 输入数据文件:
- 格式为.tsv的文件（如INPUT_homeolog_distribution_Triticum.tsv）: 可能包含同源基因分布的表格数据，字段包括ID_allele、Allele及A-I等类别列
- 压缩文件:
- 格式为.rar的文件（如Fig_S3a_Brachypodium_1877_diploids_plus_outgroups_alignments_fasta.rar）: 可能包含序列比对的压缩文件
- 其他文件:
- Fig_4a_BEAST2_file.xml: XML格式，可能为BEAST2软件的输入文件
- 无后缀名文件（如Fig_2c_Triticum_subgenome_phylogram）: 可能包含系统发育树结果
适用场景
- 植物遗传学研究: 解析短柄草属多倍体的亚基因组组成与起源
- 系统发育分析: 用于多倍体物种形成机制的系统发育研究
- 比较基因组学: 开展多倍体与二倍体祖先基因组的比较分析
- 进化生物学: 探索植物多倍体化及杂交事件的进化路径
