E_MTAB_6422_PRJEB24664_Based拟南芥生命周期基因表达图谱数据

数据集概述

本数据集为拟南芥（Col-0生态型野生型）全生命周期基因表达图谱，基于RNA-Seq技术构建36个基因表达文库，覆盖幼苗、莲座叶、根、花序、花、果实荚、种子等组织部位，以及2叶期、6叶期、12叶期、衰老期等发育阶段，每个组织和发育阶段包含3个生物学重复，记录了不同年龄样本的转录程序特征。

文件详解

• 文件名称：PRJEB24664_Commands_to_access_read_run_tsv.txt
• 文件格式：TXT
• 字段映射介绍：包含研究编号、样本编号、实验编号、运行编号、分类ID、物种名、fastq_ftp、submitted_ftp、sra_ftp、bam_ftp等数据访问相关字段
• 文件名称：PRJEB24664_Sample_descriptors.xlsx
• 文件格式：XLSX
• 字段映射介绍：记录样本描述信息，包括组织部位、发育阶段、年龄、实验设计等样本元数据
• 文件名称：ena-file-download-read_run-PRJEB24664-fastq_ftp-20240507-2226.sh
• 文件格式：SH
• 字段映射介绍：用于从ENA数据库下载该项目fastq数据的脚本文件
• 文件名称：E-MTAB-6422.zip
• 文件格式：ZIP
• 字段映射介绍：包含实验相关的压缩数据文件

数据来源

EMBL-EBI ArrayExpress（https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-MTAB-6422）、NCBI SRA（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB24664）

适用场景

• 植物发育生物学研究：分析拟南芥不同组织部位、发育阶段的基因表达差异与转录调控机制
• 基因功能注释：通过生命周期基因表达图谱挖掘特定基因在植物生长发育中的作用
• 分子生物学实验设计：为拟南芥相关基因表达研究提供标准化样本设计参考
• 植物转录组学数据库构建：补充植物全生命周期基因表达的基础数据资源