数据集概述
本数据集为ECC-CHARMM36力场下POPC双层膜的分子动力学模拟数据，包含100脂质/叶、940mM NaCl溶液、310K温度条件，由GROMACS 5.1.4生成，是6组模拟中的第6组，用于研究CHARMM力场缩放对离子结合的影响。
文件详解
该数据集包含12个GROMACS格式文件，具体说明如下：
- 结构与拓扑文件：
- start.gro：初始结构文件（.gro格式）
- topol.top：拓扑文件（.top格式）
- ECC_ions.itp、POPC_scaled.itp、ECC_charmm36_POPC.itp、TIP3.itp：4个力场参数文件（.itp格式）
- 模拟参数与索引文件：
- run.mdp：模拟参数文件（.mdp格式）
- index.ndx：索引文件（.ndx格式）
- 输出文件：
- traj_comp.xtc：610ns轨迹文件（.xtc格式，每100ps保存一次）
- ener.edr：能量输出文件（.edr格式）
- topol.tpr：GROMACS运行输入文件（.tpr格式）
- 文档文件：
- READ_ME.pdf：说明文档（.pdf格式）
数据来源
NMRlipids项目
适用场景
- 分子动力学模拟研究：分析POPC双层膜在不同力场条件下的结构特性
- 离子结合机制研究：探究CHARMM力场缩放对Na+、Cl-离子与脂质膜相互作用的影响
- 生物物理模拟方法验证：验证ECC-CHARMM36力场在脂质膜系统中的适用性
- 膜生物学研究：为细胞膜离子转运、信号传导等生物过程提供模拟数据支持
