数据集概述
本数据集基于竹节虫野外实验，聚焦颜色表型的基因型-表型-适合度图谱构建，探究生态选择如何塑造上位性遗传互作。包含颜色性状的遗传基础、适合度关联及不同宿主植物处理下的选择动态数据，为理解自然中遗传互作的进化机制提供支撑。
文件详解
- 代码文件（.r格式，共18个）
- 示例文件：selectionGradBayes.R、models.R、calcBV.R、nullSims.R、cvScriptExFitAdd.R
- 功能：包含贝叶斯模型分析（bayes_hglm、bayes_glm）、选择梯度计算、基因型值估算、零模型模拟等进化遗传学分析脚本
- 文本数据文件（.txt格式，共12个）
- 示例文件：mod_g_tchum_MM.txt、mod_g_tchum_AC.txt、tchumSnpTable.txt、pheno_gb_cv.txt
- 内容：包含基因型模型参数、SNP位点信息、表型交叉验证数据等，其中tchumSnpTable.txt记录SNP位点坐标类数据
- 压缩文件（.zip/.gz格式，共3个）
- 示例文件：spetra.chumash-2.zip、spetra.chumash.zip、filtered2x_tchum_mel_gbs_2019.vcf.gz
- 内容：包含光谱数据压缩包、过滤后的GBS测序VCF文件
- CSV数据文件（.csv格式，共1个）
- 文件名称：2019_Tchumash_transplant_table.csv
- 字段：包含id、species（物种）、Color（颜色）、Gender（性别）、Treatment（处理）、Block（区块）、Dot1-Dot4（斑点颜色）、Survival（存活率）、R/G/B（颜色通道值）、RG/GB（颜色比值）、hex（十六进制颜色码）等表型与适合度数据
数据来源
论文“Ecology shapes epistasis in a genotype-phenotype-fitness map for stick insect colour”
适用场景
- 进化遗传学研究：分析竹节虫颜色性状的上位性遗传互作模式
- 生态适应性分析：探究不同宿主植物处理下颜色表型的适合度差异及选择压力
- 基因型-表型映射：解析颜色表型背后的遗传基础及加性/非加性效应
- 自然选择机制研究：验证生态驱动的选择如何塑造遗传互作的进化动态
- 表型适合度关联分析：利用野外实验数据建立颜色性状与存活率的定量关系模型
