数据集概述
该数据集是Galaxy Training Network教程的训练数据，用于分析Hugo等人2015年发表研究中的EWAS数据，识别与黑色素瘤MAPKi耐药相关的差异甲基化区域和位点，包含基因表达、表型等多类型文件。
文件详解
- 核心数据文件：
- GSM1588704_8795207135_R01C02_Red.idat等8个.idat格式文件：原始甲基化芯片数据文件
- phenotypeTable.txt：TXT格式，可能包含样本表型信息
- UCSCMainonHuman.gtf：GTF格式，人类基因注释文件
- 分析相关文件：
- GOEnrichmentAnalysisofGeneSet.txt：TXT格式，包含GO富集分析结果，字段有ID、Description、GeneRatio等
- GOEnrichmentAnalysisVisualization.pdf：PDF格式，GO富集分析可视化结果
- GalaxyHistory.tar.gz：GZ压缩包，可能包含分析历史记录
适用场景
- 表观遗传学研究：分析黑色素瘤MAPKi耐药相关的差异甲基化位点
- 生物信息学教学：作为EWAS分析流程的训练数据
- 基因功能分析：通过GO富集数据研究耐药相关基因的生物学功能
- 医学研究：探索黑色素瘤耐药的表观遗传机制
