数据集概述
本数据集围绕矾根属（Heuchera）的系统发育基因组冲突展开，整合了核基因、质体和线粒体三类独立基因组数据，通过多种分析策略揭示物种杂交导致的系统发育不一致现象，为植物进化研究提供多维度数据支持。
文件详解
该数据集包含53个文件，涵盖多种格式，具体说明如下：
- 附录与统计文件:
- Appendix1_Coverage statistics and voucher information.xlsx: Excel文件，包含测序覆盖度统计和样本凭证信息
- Appendix11_SangerGenbank and voucherinformation.xlsx: Excel文件，包含Sanger测序的GenBank数据和样本凭证信息
- Appendix10_PCRprogramsandprimers.xlsx: Excel文件，包含PCR实验程序和引物信息
- 基因组比对文件:
- chloroplastAlignment.phy.reduced: 简化版叶绿体基因组比对文件
- sangerAlignment.phy.reduced: 简化版Sanger测序比对文件
- nuclearAlignment.phy.reduced: 简化版核基因组比对文件
- MitochondrionAlignment66taxa.phy: 66个分类单元的线粒体基因组比对文件
- 系统发育树文件:
- ChloroplastSangerTree.tre: 基于Sanger测序的叶绿体系统发育树
- MitochondrionTree66taxaUnpartitioned.tre: 66个分类单元的非分区线粒体系统发育树
- NuclearTreePartitionedBySpliceSite.tre: 按剪接位点分区的核基因组系统发育树
- ASTRALtree.txt: ASTRAL方法构建的系统发育树
- 分析结果与可视化文件:
- Appendix15_BUCKyGeneTreeSimulationSummaryPlottedOnChloroplastTree.pdf: BUCKy基因树模拟结果在叶绿体树上的可视化
- Appendix26_chloroplastclusternetwork.pdf: 叶绿体聚类网络分析图
- Appendix30_MitochondrialConservedRegions.pdf: 线粒体保守区域分析图
- Appendix20_NuclearTreeNoRogues_scale.pdf: 去除异常值的核基因树（带比例尺）
- Appendix6_ASTRALnoallelemap.pdf: ASTRAL方法构建的无等位基因映射树
- Appendix25_MitochondrionUpper50_scale.pdf: 线粒体基因树上50%支持率分支（带比例尺）
- 分析参数与模拟文件:
- ChloroplastSangerPartitionByGene.txt: 按基因分区的叶绿体Sanger测序数据参数
- ChloroplastPartitionCoding-NonCoding.txt: 叶绿体编码区与非编码区的分区信息
- Appendix14_BUCKysimulatedGeneTrees1000.txt: BUCKy模拟的1000个基因树数据
- 压缩文件:
- ASTRAL_OptimalGeneTreesandBootstraps.zip: ASTRAL最优基因树及 bootstrap 结果压缩包
- BUCKyGeneDistributions.zip: BUCKy基因分布分析结果压缩包
适用场景
- 植物系统发育研究: 分析不同基因组（核、叶绿体、线粒体）的系统发育冲突现象
- 杂交进化研究: 探究古代杂交事件对物种系统发育关系的影响
- 基因组进化分析: 比较不同基因组的进化速率与保守区域特征
- 生物信息学方法验证: 测试 concatenation 和 coalescence 等系统发育分析策略的效果
- 进化生物学教学: 作为系统发育冲突案例用于相关课程教学
- 植物分类学研究: 辅助解决矾根属及其近缘类群的分类学问题
