数据集概述
本数据集围绕菲律宾鼩鼱属（Crocidura）8个物种的快速近期辐射进化问题，通过实证与模拟系统基因组学方法开展研究。包含超保守元件、线粒体基因组测序数据及不同方法的系统发育分析结果，揭示了快速辐射进化中构建分叉树的挑战。
文件详解
- 附录文件：
- Online Appendix 2 - Locus Info.xlsx：Excel格式，包含基因座信息
- Online Appendix 3 - BPP Results.xlsx：Excel格式，记录BPP分析结果
- Online Appendix 1 - SNP Analysis Pipeline.txt：TXT格式，记录SNP分析流程，包含BWA索引构建等步骤
- 模拟数据文件：
- 500-sim-3x-rate-fasta-files.zip：ZIP压缩包，包含500组3倍速率模拟的FASTA文件
- 500-sim-multi-individual-fasta-files.zip：ZIP压缩包，包含500组多个体模拟的FASTA文件
- new-incomplete-50percent-all-species-padded.zip：ZIP压缩包，包含50%缺失数据的填充模拟文件
- 100-bootreps.tree.zip：ZIP压缩包，包含100次自举重复的树文件
- 分析输入输出文件：
- MrBayes-WMG-Input.nex：NEX格式，MrBayes分析输入文件
- SNP-data.nex：NEX格式，SNP数据文件
- genetrees.tre：TRE格式，基因树文件
- 图表文件：
- Figure S2 Concatenated Full MrBayes.pdf：PDF格式，串联分析的MrBayes结果图
- Figure S3 Empirical StarBEAST.pdf：PDF格式，实证数据的StarBEAST结果图
- Figure S4 Sim-Matching StarBEAST.pdf：PDF格式，匹配模拟的StarBEAST结果图
- Figure S5 Sim-Multi-Individual StarBEAST.pdf：PDF格式，多个体模拟的StarBEAST结果图
- Figure S6 Sim-3x-Rate StarBEAST.pdf：PDF格式，3倍速率模拟的StarBEAST结果图
适用场景
- 进化生物学研究：分析快速近期辐射进化中物种分化关系的解析挑战
- 系统基因组学方法验证：比较串联法与溯祖法在解析复杂系统发育关系中的表现
- 生物地理学研究：探究陆栖动物类群在群岛扩散过程中的物种形成模式
- 计算生物学模拟：验证不同模拟条件下系统发育树的推断准确性
