数据集概述
本数据集聚焦东非地区SAT1和SAT2型口蹄疫病毒（FMDV）的进化流行病学，分析1975-2016年病毒在牛与野生非洲水牛间的跨物种传播动态。通过贝叶斯系统动力学模型解析VP1基因片段，推断病毒祖先位置、传播路线及宿主来源，为非洲口蹄疫防控提供科学依据，包含9个相关分析文件。
文件详解
- SAT1相关文件
- 系统地理分析文件：
SAT1_Phylogeographic_Asymmteric_MCC.tre（.tre格式，含最大类群置信树）、SAT1_Phylogeographic_Asymmteric_BEAST.xml（.xml格式，BEAST分析配置）
- 宿主离散分析文件：
SAT1_Discrete_Host_Asymmteric_MCC.tre（.tre格式，宿主传播树）、SAT1_Discrete_Host_Asymmteric_BEAST.xml（.xml格式，宿主分析配置）
- 序列数据文件：
SAT1.nex（.nex格式，SAT1 VP1基因序列数据）
- SAT2相关文件
- 系统地理分析文件：
SAT2_Phylogeographic_Asymmteric_MCC.tre（.tre格式，最大类群置信树）、SAT2_Phylogeographic_Asymmteric_BEAST.xml（.xml格式，BEAST分析配置）
- 宿主离散分析文件：
SAT2_Discrete_Host_Asymmteric_BEAST.xml（.xml格式，宿主分析配置）
- 序列数据文件：
SAT2.nex（.nex格式，SAT2 VP1基因序列数据）
数据来源
论文“Phylogeographic and cross-species transmission dynamics of SAT1 and SAT2 Foot-and-Mouth Disease Virus in Eastern Africa”
适用场景
- 口蹄疫病毒进化研究：分析SAT1/SAT2病毒在东非的时空传播路径与进化速率
- 跨物种传播机制分析：探究病毒在牛与野生水牛间的传播方向及宿主来源
- 防控策略优化：基于病毒扩散路线与宿主贡献数据，制定针对性的区域防控措施
- 系统动力学模型验证：利用BEAST配置文件与结果树，验证贝叶斯系统动力学模型的适用性
- 分子流行病学研究：通过VP1基因序列数据，解析病毒的遗传多样性与变异特征
