数据集概述
本数据集包含广泛分布针叶树在高纬度林线过渡带干旱胁迫下生长反应的遗传基础研究相关数据，涵盖原始及过滤的SNP数据、树木年轮原始数据，以及用于SNP过滤、表型数据处理和基因型-表型关联分析的R脚本，共十一个文件。
文件详解
- 代码文件（.r格式，共6个）
- 文件名称：Genesis_multiple sites_without_outliers.R、clean_eventyears_Cropper_detrended.R、SNPs_LD_summary_final.R、phenotypic_data_dendro.R、GEMMA results.R、climate_sensitivity.R
- 功能：分别用于SNP过滤、表型数据处理、基因型-表型关联分析等研究流程
- 原始基因型数据
- 文件名称：Genotypes_targeted_Bowtie2-Genome_Freebayes-ploidy2-min-count-8_NGS1728_2020-02-11.vcf
- 文件格式：VCF
- 过滤后基因型数据
- 文件名称：SNPs_PG_cl_MAF2.5_2_LD_paraloug_filtered.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射：包含多个SNP位点标识（如ss524904322_ALWZ040025827_1168等）
- 树木年轮数据
- 文件名称：genTreeRings.RData
- 文件格式：RData
- 基因型数据表格
- 文件名称：Genotypes_targeted_Bowtie2-Genome_Freebayes-ploidy2-min-count-8_NGS1728_2020-02-11.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 元数据文档
- 文件名称：metadata.docx
- 文件格式：DOCX
适用场景
- 针叶树遗传基础研究：分析高纬度林线针叶树干旱胁迫下生长反应的遗传机制
- 基因型-表型关联分析：利用SNP数据与表型数据探究干旱胁迫响应相关基因位点
- 树木年轮与气候敏感性研究：结合年轮数据与气候数据，分析树木生长对干旱胁迫的响应规律
- 遗传数据处理方法参考：借鉴R脚本中的SNP过滤、数据清洗等处理流程，应用于类似遗传研究
