数据集概述
本数据集围绕三刺鱼基因组组装优化及适应性性状定位展开，包含通过GBS方法构建的连锁图谱数据，用于锚定、调整基因组 scaffolds，提升组装完整性；同时包含侧线板数量、鳃耙长度等进化性状的QTL定位结果，揭示适应性性状的遗传基础。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：README.txt
- 文件格式：TXT
- 内容介绍：数据集说明文档，概述各文件功能，如NewScaffoldOrder.csv的scaffold排序规则、坐标转换逻辑等
- 代码类文件
- 文件名称：convertCoordinate.R
- 文件格式：R
- 内容介绍：坐标转换脚本，用于实现基因组组装中旧坐标与新坐标的映射转换
- 数据类文件
- 文件名称：FileS4 NewScaffoldOrder.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射：包含Scaffold（ scaffold编号）、Length（长度）、NewChr（新染色体）、NewStart/End（新坐标起止）、NewOrientation（新方向）、OldChr/Start/End（旧坐标信息）等字段，记录scaffold的染色体锚定与位置调整结果
- 文件名称：ScafKeyForNewFasta.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射：包含ScaffoldNickname（ scaffold别名）、Scaffold（编号）、newChr（新染色体）、newStart/End（新坐标）、newOrientation（新方向）等字段，为基因组序列文件提供scaffold映射关系
- 文件名称：SampleList.csv
- 文件格式：CSV
- 内容介绍：样本信息列表，记录实验所用三刺鱼样本的基础信息
- 基因组序列类文件
- 文件名称：FileS5 revisedAssemblyUnmasked.fa.zip
- 文件格式：ZIP（包含FASTA文件）
- 内容介绍：优化后的未屏蔽基因组组装序列文件
- 文件名称：FileS6 revisedAssemblyMasked.fa.zip
- 文件格式：ZIP（包含FASTA文件）
- 内容介绍：优化后的屏蔽基因组组装序列文件（屏蔽重复序列等区域）
- 文件名称：FileS7 ensGene_revised.gtf.zip
- 文件格式：ZIP（包含GTF文件）
- 内容介绍：基于优化基因组的基因注释文件，记录基因的位置、结构等信息
数据来源
Glazer et al 2015 G3研究数据
适用场景
- 基因组组装优化研究：利用scaffold锚定、坐标调整数据，提升三刺鱼基因组组装的染色体水平完整性
- 适应性进化遗传机制分析：通过侧线板、鳃耙长度等性状的QTL定位结果，探究三刺鱼淡水适应的遗传基础
- 比较基因组学研究：基于优化的基因组序列与注释文件，开展三刺鱼与其他物种的基因组比较分析
- 进化性状遗传定位方法验证：验证GBS连锁图谱在复杂性状QTL定位中的应用效果
