数据集概述
该数据集包含果蝇纳苏亚种（Coorg品系）的全基因组Illumina短读长测序组装及分析结果。基于Illumina HiSeq 2500技术对40只5日龄雄性果蝇基因组DNA进行双端测序，涵盖基因组组装、注释及质量评估等核心内容。
文件详解
该数据集包含多个目录和文件，具体说明如下：
- 基因组组装目录（Genome_assembly/）:
- 组装文件: D1-gapfilled_scaffolds.fasta、D1-reduced_contigs.fasta、D1-SSPACE_scaffolds.fasta、D1-final_draft_assembly.fasta、D1.fasta.masked（均为FASTA格式，记录不同阶段的基因组序列）
- 说明文件: readme.doc（DOC格式，组装相关说明）
- 注释目录（Annotations/）:
- 注释文件: Drosophila_nasuta_Coorg.proteins.fa（蛋白质序列，FA格式）、kog-class.txt（KOG分类，TXT格式）、pasa_predictions.gff3、snap-predictions.gff3、trnascan.gff3、glimmerhmm-predictions.gff3、augustus.gff3（基因预测结果，GFF3格式）、D1-Gene_Ontology.txt（基因本体注释，TXT格式）、D1-drosAlbom_blastp.outfmt6（BLAST比对结果，OUTFMT6格式）、genemark.gtf（基因预测，GTF格式）、D1.fasta.out（输出文件）
- 说明文件: readme.doc（DOC格式，注释相关说明）
- 组装质量评估目录（Assembly_quality_assessment/）:
- 质量评估文件: D.n.nasuta-D.melanogaster.coords、D.n.nasuta-D.albomicans.coords（共线性分析，COORDS格式）、D.n.nasuta-D.melanogaster.coords.idx、D.n.nasuta-D.albomicans.coords.idx（索引文件）、D.n.nasuta-D.melanogaster.delta、D.n.nasuta-D.albomicans.delta（比对结果，DELTA格式）、D1-BUSCO_summary.diptera_odb10.txt（BUSCO评估结果，TXT格式）、D1-assembly-stats.json（组装统计，JSON格式）
适用场景
- 进化生物学研究: 分析果蝇纳苏亚种与近缘物种的基因组差异及进化关系
- 功能基因组学研究: 基于基因注释数据探究特定基因的功能及调控机制
- 基因组组装方法学研究: 评估Illumina短读长测序在小型基因组组装中的应用效果
- 昆虫遗传学研究: 为果蝇纳苏亚种的遗传特性及适应性进化研究提供基础数据
