数据集概述
本数据集包含对黑腹果蝇（萨塞克斯LHM样本）繁殖适合度全基因组关联研究（GWAS）进行错误发现率（FDR）计算的R代码及结果。数据基于雌雄半克隆系表型值，采用单性别GWAS与双变量GWAS分析，通过fdrtool包计算FDR，确定全基因组显著的p值阈值。相比原始版本优化了基因注释准确性，新增FDR=0.1的p值阈值文件及SNP关联的95%可信区间。
文件详解
- 代码文件：
- code_fdr_gwas.R：用于执行FDR计算的R代码文件
- code_drive_gwas_fdr.sh：驱动GWAS FDR分析的Shell脚本文件
- 日志文件：
- log_sh_fdr_gwas.txt、log_drive_gwas.txt、log_r_fdr_gwas.txt：分析过程的日志记录
- log_md5_checksums_fdr_gwas.txt：文件MD5校验和日志
- 结果数据文件：
- data_results_summary.txt：结果汇总文本文件
- data_Bivariate_SigSNPs.txt：双变量分析显著SNP数据
- data_Female_SigSNPs.txt：雌性样本显著SNP数据
- 可视化文件：
- plot_betascatter.png、plot_manhattans_gwas_lhm.png、plot_fdr_gwas_lhm.png：GWAS结果相关的可视化图表
- 其他文件：
- log_sh_fdr_gwas.txt：Shell脚本执行日志
适用场景
- 基因组学研究：分析黑腹果蝇繁殖适合度相关的显著SNP位点及基因关联
- 统计遗传学方法验证：验证FDR在GWAS显著性阈值确定中的应用效果
- 进化生物学研究：探究繁殖适合度相关遗传变异的进化意义
- 生物信息学分析：复现或扩展基于fdrtool的GWAS数据处理流程
