数据集概述
该数据集围绕黑腹果蝇（Sussex LHM品系）的全基因组分析展开，通过R计算染色体臂SNP密度，利用Plink 1.9筛选连锁不平衡独立SNP，输出独立SNP ID列表，为遗传学研究提供基础数据。
文件详解
- 独立SNP筛选结果文件（.in格式）：共5个文件，如lhm_hc_2017_1.prune.in、lhm_hc_2017_2.prune.in等，存储各批次筛选出的独立SNP ID列表。
- 数据统计文件（.txt格式）：
- snp_density_per_chromosome_lhm.txt：包含chromosome（染色体）、med_spm（中位数SNP密度）、mean_spm（平均SNP密度）、sd_spm（标准差）、mean_rounded（平均密度取整）字段
- counts_ld_indenp_perchrom.txt：染色体连锁不平衡独立SNP计数数据
- combined_chromosomes_lhm_indep.txt：全基因组独立SNP ID合并列表
- log_cal_indep_snps.txt：独立SNP计算过程日志
- 代码文件：
- calc_snp_densities.R（R语言脚本）：计算染色体SNP密度的代码
- calc_indep_snps.sh（Shell脚本）：独立SNP筛选流程脚本
- 可视化文件：snp_density_lhm.png（图片格式）：SNP密度分布可视化结果
适用场景
- 遗传学研究：分析黑腹果蝇基因组连锁不平衡模式与独立SNP分布特征
- 基因组学分析：为全基因组关联研究（GWAS）等提供高质量标记位点
- 生物信息学方法验证：验证SNP密度计算与连锁不平衡筛选算法的有效性
- 进化生物学研究：探究果蝇种群遗传多样性与进化机制
