数据集概述
本数据集为《HyRAD-X exome capture museomics unfolds giant ground beetle evolution》研究的全部最终文件，包含系统发育数据集、分区方案、分化时间估计数据集及最终树文件等，用于揭示巨地甲虫的进化机制，支持相关基因组学分析。
文件详解
- 系统发育数据集及分区方案
- 文件名称：A_2945_BWA_MEM_loci_43_Taxa.phy（HyRAD-X Dataset A）、A_2945_BWA_MEM_loci_partition.nex（Dataset A分区方案）、B_2945_BWA_MEM_loci_40_Taxa.phy（HyRAD-X Dataset B）、C_1227_BWA_ALN_loci_40_Taxa.phy（Dataset B分区方案）、C_1227_BWA_ALN_loci_partition.nex（HyRAD-X Dataset C）、D_100_BWA_MEM_loci_43_Taxa.phy（HyRAD-X Dataset D）、D_100_BWA_MEM_loci_partition.nex（Dataset D分区方案）、E_MtGenomes_60_Taxa.phy（Mitogenomic Dataset E）、E_MtGenomes_partition.nex（Dataset E分区方案）
- 文件格式：.phy、.nex
- 字段映射介绍：包含不同数据集的基因序列（.phy）及对应的分区方案（.nex），涉及不同数量的分类群、基因座及分析方法
- 分化时间估计数据集
- 文件名称：HyRAD-X_BEAST_100loci_SortaDate.nex（BEAST分析输入比对文件）、HyRAD-X_BEAST_100loci_SortaDate_BD_1C_2F2SC_40TAX.xml（BEAST XML输入文件）、HyRAD-X_BEAST_100loci_SortaDate_BD_7C_2F2SC_40TAX.xml（BEAST XML输入文件）、HyRAD-X_BEAST_100loci_SortaDate_Yule_1C_2F2SC_40TAX.xml（BEAST XML输入文件）、HyRAD-X_BEAST_100loci_SortaDate_Yule_7C_2F2SC_40TAX.xml（BEAST XML输入文件）
- 文件格式：.nex、.xml
- 字段映射介绍：提供BEAST分析的输入比对序列及参数配置文件，用于巨地甲虫分化时间估计
- 最终树文件
- 文件名称：ML Phylogeny Dataset A BWA MEM 43 Taxa.tre（Dataset A最优IQ-TREE ML树）、ML Phylogeny Dataset B BWA MEM 40 Taxa.tre（Dataset B最优IQ-TREE ML树）、ML Phylogeny Dataset C BWA ALN 40 Taxa.tre（Dataset C最优IQ-TREE ML树）、ML Phylogeny Dataset D BWA MEM SortaDate 43 Taxa.tre（Dataset D最优IQ-TREE ML树）、ML Phylogeny Dataset E Mitogenomes.tre（Dataset E最优IQ-TREE ML树）、Bayesian BEAST MCC Tree Yule 7C.tre（最优BEAST分析树）
- 文件格式：.tre
- 字段映射介绍：包含不同数据集生成的系统发育树，记录巨地甲虫的进化关系
数据来源
Genome Biology and Evolution发表的研究“HyRAD-X exome capture museomics unfolds giant ground beetle evolution”
适用场景
- 巨地甲虫进化机制研究: 利用系统发育数据集和树文件分析其进化关系与分化时间
- 基因组学技术应用评估: 验证HyRAD-X外显子捕获技术在 museomics 中的有效性
- 生物信息学方法比较: 对比不同分析方法（如BWA MEM/BWA ALN）对进化分析结果的影响
- 分化时间估计模型优化: 基于BEAST输入文件探索不同模型参数对分化时间估计的作用
- 博物馆样本基因组学研究: 参考museomics技术流程开展其他物种的进化分析
