数据集概述
本数据集记录了利用Illumina HiSeq平台对长PCR产物进行平行扩增子测序的方法及结果，包含序列比对文件、共识序列、系统发育树文件及分析脚本，可支持物种系统发育与种群遗传学研究，共6个文件。
文件详解
- 序列比对文件
- 文件名称：Alignment_for_RAxML.phy
- 文件格式：PHY
- 字段映射介绍：用于RAxML分析的多序列比对文件，包含16个类群的101个基因座序列比对信息
- 文件名称：Alignment_for_Mrbayes.nex
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：用于MrBayes分析的多序列比对文件，支持贝叶斯系统发育树构建
- 共识序列文件
- 文件名称：Total_1435_consensus_seqs.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含1435条共识序列，记录目标扩增子的完整序列信息
- 系统发育树文件
- 文件名称：16_taxa_raxm_&bayes_tree.nexus
- 文件格式：NEXUS
- 字段映射介绍：包含RAxML和贝叶斯方法构建的16个类群系统发育树
- 文件名称：16taxa_species_tree.nexus
- 文件格式：NEXUS
- 字段映射介绍：16个类群的物种树文件，记录物种亲缘关系
- 分析脚本文件
- 文件名称：Python Script.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含用于数据处理与分析的Python脚本压缩包
数据来源
论文“Parallel tagged amplicon sequencing of relatively long PCR products using the Illumina HiSeq platform and transcriptome assembly”
适用场景
- 物种系统发育研究: 利用序列比对文件和系统发育树文件，解析16个类群的物种亲缘关系
- 种群遗传学分析: 通过共识序列文件，分析种群内基因座的遗传多样性与分化
- 测序方法验证: 验证Illumina平台长PCR产物平行测序方法的有效性与可靠性
- 生物信息学分析流程构建: 参考Python脚本建立长扩增子测序数据的处理与组装流程
- 分子进化研究: 基于多基因座序列比对，探究物种间的分子进化速率与选择压力
