数据集概述
该数据集基于蒺藜苜蓿226个种质资源的全基因组测序数据（含超600万个SNP），开展全基因组关联分析（GWAS），探究株高、毛状体密度、开花时间、结瘤等性状的遗传基础，识别候选基因及遗传结构特征。
文件详解
- 数据文件（CSV格式）：
- StantonGeddes2013_Medicago_leaf_data.csv：叶片性状数据，字段包括pot（盆号）、Trichomes（毛状体数量）、width_mm（宽度）、petiole_area（叶柄面积）、leaf_area（叶面积）、leaf_weight（叶重）
- StantonGeddes2013_Medicago_nodule_occupancy.csv：结瘤占据数据，字段包括plate（平板号）、row（行）、column（列）、postion（位置）、plant（植株）、strain（菌株）、date（日期）、sheet（工作表）
- StantonGeddes2013_Medicago_plant_data.csv：植株性状数据（未提供预览字段）
- 代码文件（R/PBS格式）：
- tassel_results.r、StantonGeddes2013_nodule_occupancy_script.r、tassel_analysis_functions.r：R语言分析脚本
- StantonGeddes2013_script.Rmd：R Markdown分析文档
- tassel_shell.pbs：TASSEL分析批处理脚本
- 说明文档：
- README_for_StantonGeddes2013_Medicago_nodule_occupancy.txt：结瘤数据说明文本
- MtHap_GWA_README.pdf：GWAS分析说明PDF文档
适用场景
- 豆科植物遗传育种研究：挖掘蒺藜苜蓿农艺性状关键基因
- 共生固氮机制研究：分析结瘤性状的遗传调控网络
- GWAS方法学验证：比较全基因组测序与SNP芯片的关联分析差异
- 植物功能基因组学：解析株高、开花时间等性状的分子基础
