数据集概述
本数据集基于改良RAD-Seq协议，针对西班牙地中海沿岸入侵珊瑚Oculina patagonica的189个群体，获取595个珊瑚特异性单核苷酸多态性（SNPs），涵盖核心种群及两个扩张前沿，分析其遗传多样性与适应性模式，探究温度等环境因素对扩张的影响。
文件详解
- 文件名称：Genet+phased.nex
- 文件格式：nex
- 字段映射介绍：含珊瑚种群遗传相位数据，支持种群遗传结构分析
- 文件名称：11Feb2016_161
- 文件格式：无扩展名
- 字段映射介绍：未明确格式的原始或中间数据文件
- 文件名称：2015_coralv3.vcf
- 文件格式：vcf
- 字段映射介绍：记录珊瑚样本的SNP位点变异信息，包含基因型、等位基因频率等核心遗传数据
- 文件名称：2015_coralv3_vcfref595.fasta
- 文件格式：fasta
- 字段映射介绍：595个珊瑚特异性SNP位点对应的参考序列文件
- 文件名称：AllENVIRONMENTALVARIABLES_Dec2017.xlsx
- 文件格式：xlsx
- 字段映射介绍：含西班牙地中海沿岸珊瑚栖息地的环境变量数据，如温度、底物类型等
- 文件名称：SNP036_oculina_bait_reads.fq.gz
- 文件格式：fq.gz
- 字段映射介绍：压缩的测序读段文件，对应候选选择位点SNP036的捕获数据
数据来源
论文“Host-targeted RAD-Seq reveals genetic changes in the coral Oculina patagonica associated with range expansion along the Spanish Mediterranean coast”
适用场景
- 珊瑚种群遗传学研究：分析Oculina patagonica的遗传多样性、种群结构及扩张过程中的遗传变化
- 物种适应性进化分析：结合环境变量与SNP数据，探究温度等因素对珊瑚扩张的驱动作用
- 入侵物种扩张机制研究：解析遗传变异与地理屏障（如伊比萨海峡）对珊瑚扩散的影响
- 海洋生态保护评估：为地中海沿岸珊瑚入侵风险及生态响应评估提供遗传数据支持
