基于最小二乘准则的快速定年算法数据集

数据集概述

本数据集围绕基于最小二乘准则的快速定年算法展开，针对大型系统发育树（如含数千分类群的病毒数据），提出近线性时间复杂度的定年方法，可估计替代率、祖先节点日期及根位置，支持带时间采样的序列数据，提供约束与非约束两种设置的算法实现。

文件详解

• 文件名称: OnlineAppendixLSD_ToJungLycettGascuel_SystBiol2015.pdf
• 文件格式: PDF
• 内容概要: 包含快速定年算法的详细描述、补充说明、表和图，涉及算法原理、实现细节、模拟数据对比结果及H1N1流感病毒数据集应用案例等信息

适用场景

• 分子进化研究：快速处理大型系统发育树（>10,000分类群）的时间定年
• 病毒进化分析：应用于HIV、H1N1等病毒数据集的祖先节点日期估计
• 系统发育树构建：替代传统根定位方法（如中点法）进行树的定根分析
• 计算生物学算法评估：对比最小二乘定年与标准方法（root-to-tip、r8s、BEAST）的精度与效率
• 线性代数在生物学中的应用研究：探索最小二乘与树递归结构结合的计算方法