数据集概述
本数据集来自真核生物系统发育基因组分析研究，包含232种真核生物、486种细菌和84种古菌的基因组数据，涉及1554个垂直遗传基因。数据支持五大真核生物分支（变形虫界、 excavata、后鞭毛生物、原始色素体生物、SAR超类群）的关系解析，分析了内共生基因转移（EGT）对系统发育的影响，并验证了位点抽样在系统发育分析中的优势。
文件详解
- 文档类文件
- 文件名称：Katz_Grant_README.docx、Supplemental_Data.docx
- 文件格式：DOCX
- 字段映射介绍：包含数据集说明、补充研究内容等文本信息
- 表格类文件
- 文件名称：Table_S1.xlsx、Table_S2.xlsx
- 文件格式：XLSX
- 字段映射介绍：包含研究相关的补充表格数据（具体字段未提供）
- 系统发育文件
- 文件名称：Euk_150.phy、Euk_1554_noEGT.phy、Euk_1554.phy、All_150_noEGT.phy、All_1554.phy
- 文件格式：PHY
- 字段映射介绍：包含不同基因组合（如150基因、1554基因、去除EGT基因）的系统发育比对数据，涵盖真核生物单独分析及包含细菌、古菌的联合分析
- 压缩文件
- 文件名称：1554_Single_gene_alignments_Euk_only.zip、1554_Single_gene_alignments_All.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：分别包含1554个单基因在真核生物中的比对数据压缩包，以及包含所有生物（真核、细菌、古菌）的单基因比对数据压缩包
数据来源
论文“Taxon-rich phylogenomic analyses resolve the eukaryotic tree of life and reveal the power of subsampling by sites”
适用场景
- 真核生物系统发育研究: 用于解析五大真核生物分支的进化关系及孤儿谱系的定位
- 内共生基因转移分析: 研究真核生物中来自蓝细菌的EGT基因对系统发育结果的影响
- 系统发育数据子采样方法验证: 比较位点抽样与基因抽样在系统发育分析中的支持度差异
- 生物信息学方法优化: 探索去除EGT基因对系统发育估计的校正作用，提升进化树构建准确性
- 微生物多样性研究: 分析未采样或分子数据缺失的真核生物谱系，揭示潜在的生物多样性
