数据集概述
本数据集包含CP2K和PLUMED伞形采样模拟的输入文件与分析脚本，核心围绕ketene在菱沸石材料中的扩散过程展开，用于研究扩散与反应的关联机制，为相关计算化学研究提供数据支持。
文件详解
- CP2K输入文件：
- 文件格式：.inp
- 命名规则：SSZ-13-0BAS-Ketene_.inp（如SSZ-13-0BAS-Ketene_0.0.inp）
- 描述：对应特定扩散坐标（单位Å）下的伞形采样窗口，0BAS表示无Brønsted酸位点
- PLUMED输入文件：
- 存储位置：与对应CP2K .inp文件同文件夹
- 默认文件名：PLUMED.inp
- 特殊场景文件（如案例4-9）：
- PLUMED_KT.inp：控制ketene（KT）化学状态
- PLUMED_AY.inp：控制acylium离子（AY）化学状态
- PLUMED_SA.inp：控制表面 acetate（SA）化学状态
- PLUMED_AcOH.inp：控制acetic acid（AcOH）化学状态
- PLUMED_MA.inp：控制methyl acetate（MA）化学状态
- 自由能表面分析文件：
- 文件格式：.py（Python脚本）
- 存储位置：根目录
- 用途：通过Thermolib代码从模拟数据生成1D和2D自由能表面
- Thermolib输入文件：
- 文件名称：wham_input.txt
- 用途：用于WHAM（加权直方图分析方法）后处理
- 存储位置：各案例专属文件夹内
- 集体变量文件：
- 命名规则：colvar_xx_xx.dat
- 内容：PLUMED模拟的集体变量数据
- 存储位置：对应模拟文件夹内
适用场景
- 计算化学研究：分析ketene在菱沸石中的扩散动力学机制
- 催化反应机理研究：探究扩散过程与表面反应的关联规律
- 材料科学分析：评估菱沸石材料结构对分子扩散的影响
- 自由能计算方法验证：基于伞形采样数据验证WHAM等后处理方法的准确性
