数据集概述
本数据集围绕热带天空岛中外生菌根真菌Laccaria trichodermophora的种群分化展开，通过低浓度DNA的基因分型测序（GBS）分析三个热带天空岛的种群基因组数据，支持异域分化假说，揭示其受更新世气候波动影响的种群动态。
文件详解
- 序列与标记文件
- 文件名称：Iontorrentlinker.fasta
- 文件格式：FASTA
- 字段映射介绍：包含测序接头序列信息
- 采样数据文件
- 文件名称：sampling_49idnv_point.csv
- 文件格式：CSV
- 字段映射介绍：含ID、SampleIDfull、Key、Longitude、Latitude、Categoria等采样点信息
- 种群映射文件
- 文件名称：Pop_map_Loc.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录样本的种群归属信息，如LMaAlt01对应LM种群
- 配置文件
- 文件名称：Lac_snap.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：可能为分析流程的配置文件
- 序列比对文件
- 文件名称：Laccaria_FUNECO_alignment.nex
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：包含序列比对数据
- 变异数据文件
- 文件名称：49ind.vcf
- 文件格式：VCF
- 字段映射介绍：记录49个个体的基因变异信息
- 脚本压缩包
- 文件名称：Scripts.zip
- 文件格式：ZIP
- 字段映射介绍：包含分析所用脚本
- 条形码文件
- 文件名称：Barcodes_10.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：包含条形码序列信息
数据来源
论文“Allopatric instead of parapatric divergence in an ectomycorrhizal fungus (Laccaria trichodermophora) in tropical sky-islands”
适用场景
- 种群基因组学研究：分析Laccaria trichodermophora在热带天空岛的种群遗传分化模式
- 生物地理学分析：探究气候波动对真菌种群分布与分化的影响
- 外生菌根真菌生态研究：揭示热带天空岛中外生菌根真菌的种群动态
- 分子生态学研究：利用基因变异数据研究真菌种群的遗传结构与进化历史
