数据集概述
本数据集为研究挪威旅鼠(Lemmus lemmus)起源的古DNA分析数据,包含17个文件,涵盖BEAST输入文件、MrBayes输入文件、进化树注释结果、序列比对数据集等,用于探究该物种在晚更新世至全新世的进化历史及冰期避难所生存证据。
文件详解
- BEAST分析文件
- 文件名称:Lemmus.complete.50.inputBEAST.xml、Lemmus.complete.8.9.inputBEAST.xml、Lemmus.complete.30.inputBEAST.xml、Lemmus.complete dated.30.inputBEAST.xml等(共7个.xml文件)
- 文件格式:XML
- 字段映射介绍:BEAST软件的输入配置文件,包含序列数据、进化模型参数、分歧时间校准等信息,用于物种进化历史的贝叶斯分析
- 进化树注释结果文件
- 文件名称:Lemmus partial_50_BEAST_outputTreeAnnotator、Lemmus partial_11,7_BEAST_outputTreeAnnotator、Lemmus complete_8,9_BEAST_outputTreeAnnotator等(共6个无扩展名文件)
- 文件格式:无扩展名
- 字段映射介绍:TreeAnnotator软件处理后的进化树注释结果,记录种群遗传分化、分歧时间等进化分析输出
- 序列比对数据集文件
- 文件名称:Lemmus alignment partial dataset.fst、Lemmus alignment complete dataset.fst
- 文件格式:.fst
- 字段映射介绍:古DNA序列比对数据集,包含部分和完整数据集的序列比对信息
- 进化树结果文件
- 文件名称:Lemmus partial_MrBayes.nex.con.tre
- 文件格式:.tre
- 字段映射介绍:MrBayes软件输出的一致进化树文件,记录种群遗传关系
- MrBayes输入文件
- 文件名称:Lemmus.partial.inputMrBayes.nex
- 文件格式:.nex
- 字段映射介绍:MrBayes软件的输入文件,用于种群遗传结构的贝叶斯分析
数据来源
论文“On the origin of the Norwegian lemming”
适用场景
- 物种进化历史研究:通过古DNA数据探究挪威旅鼠的起源时间及祖先类群
- 冰期避难所验证:分析冰期与现代样本的遗传分化,验证末次盛冰期北欧避难所假说
- 种群遗传分化分析:利用进化树和序列比对数据研究旅鼠种群的遗传结构变化
- 分子钟模型验证:通过BEAST输入文件的参数设置,验证物种分歧时间的分子钟模型