数据集概述
本数据集包含35个完整线粒体基因组的分析结果，覆盖运动狐猴属（Lepilemur）全部26个已识别类群，用于系统基因组重建及马达加斯加生物地理学推断。数据支持25个单系谱系的恢复，以及Lepilemur mittermeieri与Lepilemur dorsalis的混合支系分析，包含分化时间估算、祖先区域重建和生态隔离分析相关文件，共7个文件。
文件详解
- 文件名称：lepitotalm23Beast.xml
- 文件格式：XML
- 字段映射介绍：包含BEAST分析的元数据配置文件，用于系统发育树构建与分化时间估算的参数设置
- 文件名称：Lepitotalm23BestSchemefromPartitionFinderV1.10.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：记录PartitionFinder筛选的最优分区方案，包含方案名称（Scheme_MT23）、对数似然值（lnL）、校正赤池信息准则（AICc）、参数数量、位点数量、分区数量（23个）及各分区的最优模型
- 文件名称：lepitotalm23RAxML_bestTree.nwk
- 文件格式：NWK
- 字段映射介绍：RAxML软件生成的最优系统发育树文件，采用Newick格式存储
- 文件名称：lepitotalm23.phy
- 文件格式：PHY
- 字段映射介绍：包含35个运动狐猴线粒体基因组序列的比对数据文件，用于系统发育分析
- 文件名称：lepitotalm23nhmpannotationtreefromBeast.txt
- 文件格式：TXT
- 字段映射介绍：BEAST分析生成的带注释系统发育树文本文件，包含分支支持度、分化时间等标注信息
- 文件名称：lepitotalm23MrsBayes.nex
- 文件格式：NEX
- 字段映射介绍：MrBayes软件的输入文件，用于贝叶斯系统发育分析的参数配置与数据格式定义
- 文件名称：Lepitotalm23Mrbayes_consustree.nwk
- 文件格式：NWK
- 字段映射介绍：MrBayes分析生成的合意树文件，采用Newick格式存储贝叶斯推断的系统发育关系
数据来源
论文“Data from: Phylogenomic reconstruction of sportive lemurs (genus Lepilemur) recovered from mitogenomes with inferences for Madagascar biogeography”
适用场景
- 灵长类动物系统发育研究: 利用线粒体基因组数据重建运动狐猴属的系统发育关系，验证类群单系性与物种边界
- 马达加斯加生物地理学分析: 通过祖先区域重建和生态隔离模型，推断运动狐猴属的地理分化历史与环境驱动因素
- 物种分化时间估算: 基于线粒体基因组数据的分子钟分析，研究运动狐猴属从中新世到更新世的分化时间线
- 基因组分区策略优化: 参考PartitionFinder的最优分区方案，为其他线粒体基因组系统发育研究提供方法参考
- 混合支系进化机制探讨: 分析Lepilemur mittermeieri与Lepilemur dorsalis的混合支系，研究物种间的基因交流与杂交事件
