数据集概述
本数据集包含两栖动物生物地理分析的相关数据，基于3309个物种（约占现存多样性的45%）的时间树，重建其在12个全球生态区的迁徙模式，探讨古代大陆 vicariance 和近期海洋扩散对现存物种分布的影响。
文件详解
该数据集包含多种格式的文件，具体说明如下：
- 核心数据文件:
- amph_shl_dates_trim.tre: 系统发育树文件，为带时间校准的修剪树结构
- amph_ecoregions.csv: CSV格式，包含物种、科及生态区信息，字段有Species（物种）、Family（科）、Region1（生态区1）等
- amph_clade_areas.csv: CSV格式，包含科、冠群年龄、分布区数量及物种数，字段有Family（科）、Crown Age（冠群年龄）、Ranges（分布区数量）、Species（物种数）
- Amphibia_2_9.phy: 系统发育数据文件，包含3310个分类单元的DNA序列矩阵
- 模型结果文件（Rdata格式）: 如amph_DEC_M0_unconstrained_v1.Rdata、caecilian_DEC_M0_unconstrained_v1.Rdata等，存储不同类群（两栖类、蚓螈、蛙、蝾螈）的生物地理模型结果
- 文档与附录文件:
- README.txt: 补充材料说明文档
- Pyron_Appendix_S1.pdf、Pyron_Appendix_S3.pdf等: 附录PDF文件，包含研究相关补充内容
- Amphibia_Models.txt: 模型说明文件，记录DNA序列矩阵的12个基因模型信息
- 代码文件:
- amph_ecoregions_reduced.R、frog_ecoregions_reduced.R等: R语言脚本，用于生态区数据处理
- 其他文件:
- 系统发育树相关文件: 如amph_shl_dates.tre、amph_shl_dates_salamanders.tre等，为不同类群的时间树
- 生态区数据文件: 如frog_ecoregions_reduced.data、salamander_ecoregions.data等，存储不同类群的生态区数据
适用场景
- 生物地理学研究: 分析两栖动物的大陆起源、扩散路径及分布格局形成机制
- 系统发育分析: 基于时间树和DNA序列矩阵研究两栖动物的演化关系
- 生态区分布研究: 探究两栖动物在不同生态区的分布特征及影响因素
- 生物地理模型验证: 验证大陆 vicariance、海洋扩散等生物地理过程对物种分布的作用
- 物种多样性研究: 分析两栖动物的分类群多样性及分布与演化历史的关联
